В последние три недели, когда разрушительная работа болезни вступила в завершающую стадию, в крошечную зарешеченную палату Сметаны допускали только самых близких родственников. Его последние дни зафиксированы в истории болезни, хранящейся в архиве больницы: «Больной истощен, все тело дрожит, ужасная слабость мешает ему стоять на ногах. Больной лежит в постели в скрюченной позе, не спит ночью, кричит и говорит что-то непонятное. Глотание затруднено, может принимать только жидкую пищу. Артикуляция затруднена, подвижность языка ограничена, голос сильный, низкий. Часто больной совершает движения, как будто дирижирует оркестром, при этом его руки дрожат. Пульс тонкий, слабый, правый угол рта несколько отвисает вниз. При разговоре и крике левая половина лица остается неподвижной. Больной слезает с кровати, с криком ползает по полу. Создается впечатление, что его мучают неприятные галлюцинации. Больной совершает необычные движения правой рукой. Речь непонятна».
Дальнейшее течение болезни вплоть до летального исхода описано лечащим врачом Сметаны доктором Вацлавом Вальтером: «В шезлонге сидит, постоянно ворочаясь, глубокий старик. Болезнь Сметаны началась уже давно, о ней возвестила его глухота. Сознание его было полностью затемнено, он вел себя беспокойно. Он не мог сам себя обслуживать и своими экспансивными аффектами не давал ни минуты покоя окружающим. Что-либо объяснить ему было невозможно. К счастью, он был слаб и с ним несложно было справиться. Он отказывался от пищи и его приходилось кормить. Речь Сметаны уже в момент поступления в клинику несла на себе следы паралитического поражения. В дальнейшем речь стала совершенно неразборчивой. Из посетителей он уже никого не узнавал. Периоды просветления отсутствовали, у больного случались обмороки и галлюцинации. Не было ни малейшей надежды на ремиссию, тем более, на выздоровление.
Физически маэстро выглядел ужасно — кожа да кости, воплощение истощения. Он отбивал такт правой рукой, что-то мычал, пытаясь, очевидно воспроизводить звук музыкальных инструментов, посреди негармоничных последовательностей звуков неожиданно раздавался сильный удар, который должен был, наверное, изображать турецкий барабан: буммм! Иногда он смеялся, это был смех паралитика, напоминавший стон. 12 мая 1884 года мы уже с утра ожидали смерти Сметаны… в пол пятого вечера его не стало».
С согласия родственников профессор пражского Патологоанатомического института Ян Глава и пять его ассистентов 13 мая 1884 года произвели вскрытие тела Сметаны, по результатам которого было составлено следующее заключение: «Труп 60-летнего мужчины, небольшого роста, кости тонкие, имеются признаки сильного истощения. Кожа на спине стянута, кожа лица имеет красноватый оттенок, как и слизистая губ, конъюнктива, напротив, бледная. Шея короткая, нормальной толщины; грудная клетка плоская, короткая; живот впалый; на обеих ногах ссадины вокруг коленных чашечек; череп пропорциональный, овальный, 17 см в длину, 14 в ширину, толщина примерно 1,5 см, преобладает пористость. Внутренняя поверхность совершенно гладкая. Кожа черепа сильно натянута, в верхнем канале свежесвернувшаяся кровь. Мозговая оболочка утолщена, наиболее сильное утолщение имеет место в области левой лобной доли и в области темени, где обнаружены незначительные паккионовы грануляции. Выше заднетеменной доли мягкие ткани мозга истончены. Извилины имеют следующие изменения по сравнению с нормальным мозгом: количество их явно меньше нормы и они явно более выражены; центральная мозговая извилина имеет ширину 2 см против нормальной ширины 1 см; наиболее развита третья левая мозговая извилина (locus Broci), мозговая оболочка очень плотно прилегает к поверхности мозга и в местах утолщений ее нельзя отделить от поверхности мозга. При разрезе обнаружено, что боковые желудочки расширены и заполнены чистой жидкостью. Эпендима гладкая, но прочная. Кора сильно утончена, толщина в среднем не превышает 3 мм, имеет коричневый оттенок, гладкая, почти склеротичная. Центральные ганглии сплющены, но обладают достаточной прочностью. Nucleus caudatus и Nucleus leniformis черно-коричневого цвета. Claustrum очень широк, примерно 4 мм против нормальных 2 мм. Третий желудочек увеличен. Эпендима шероховатая, зернистая, бледная, мелкие вены расширены и шероховаты. Четвертый желудочек увеличен. Эпендима шероховатая, зернистая, блестящая, коричневатого цвета. Striae acusticae очень незначительны, с левой стороны их три, с правой всего две, причем они очень тонки, цвет сероватый. Мозжечок мягкий и бледный, Pons и Medulla oblongata обладают достаточной прочностью. Серое вещество пигментировано, то же самое относится и к удлиненному спинному мозгу. Nervi acustici тоньше нормы, сероватого цвета. Атероматозные вены в основании мозга. Вес мозга 1250 г.
