Северный флот получил также возможность эффективно действовать против морских конвоев противника. Так, 15 сентября 1944 года комбинированный удар по немецкому конвою нанесли 8 торпедных катеров и около 150 самолетов, а 16 октября — 4 подводные лодки и более 100 самолетов. Всего в течение 1944 года противник потерял на Баренцевом море 77 транспортных судов общим водоизмещением около 190 тысяч тонн, 38 боевых кораблей и вспомогательных судов. Успешные действия Северного флота не дали немцам возможности своевременно подбросить подкрепления северной группировке войск и обеспечить эвакуацию живой силы и вооружения из Петсамской области и района Киркенеса.
В результате весеннего и летнего наступлений Красной армии на Карельском перешейке были освобождены Петрозаводск и Выборг. Теперь Кронштадтской базе была обеспечена полная безопасность и корабли получили выход в восточную часть Финского залива. Однако операционная зона флота практически осталась прежней. Чтобы ее расширить, надо было освободить побережье Эстонии, перебазировать на запад аэродромы флотской авиации.
Поставленное на грань полного разгрома, финское правительство обратилось в Москву с предложением мира. Договор был заключен 12 марта 1944 года. В числе прочих условий СССР предоставлялась 50-летняя аренда полуострова Порккала-Удд. Создаваемая там военно-морская база должна была осуществлять оборону центральной минной позиции, не допуская прорыва противника в Финский залив и обеспечивая ВМФ беспрепятственный выход в открытое Балтийское море. К созданию базы приступили 20 сентября. Помимо береговой артиллерии и кораблей охраны водного района туда перешла и часть подводных лодок. Оперативное положение Балтийского флота сразу резко улучшилось.
С весны 1944 года, когда стратегическая инициатива полностью и бесповоротно перешла в наши руки, Сталин начал постепенно расширять права наркома ВМФ как непосредственного начальника воюющих флотов. На очереди была передача в его ведение Балтфлота. Происходила она не одномоментно, а постепенно, чтобы не возникло разрыва в вертикали подчинения и связанных с этим недоразумений. В начале марта 1944 года готовящийся к проведению Прибалтийской наступательной операции Ленинградский фронт нуждался в прикрытии с моря своего правого фланга. Поэтому Сталин вполне предсказуемо привлек к решению этого вопроса наркома ВМФ.
В марте 1944 года Сталин через Кузнецова вызвал в Москву командующего Балтийским флотом Трибуца, чтобы принять их вместе и выслушать доклад адмирала. Тот доложил, что флот готов выйти в море и начать боевые действия, как только залив очистится ото льда. С учетом высокой минной опасности участники совещания решили в первую очередь задействовать флотскую авиацию, а корабельные соединения использовать для поддержки артиллерийским огнем и высадкой десантов в тех районах, где могут избежать неоправданных потерь.
В ходе Выборгской операции Балтийскому флоту предстояло взаимодействовать с Ленинградским фронтом на Выборгском и Кексгольмском направлениях. В Свирско-Петрозаводской операции Карельского фронта Ладожская и Онежская флотилии использовались на сортавальском и петрозаводском направлениях. Особенно подробно Сталин интересовался у Кузнецова и Трибуца, чем может флот содействовать наступлению на Карельском перешейке.
Кузнецову удалось успешно наладить взаимодействие между Балтийским флотом и четырьмя фронтами в Прибалтийской операции. В ходе ее были взяты Таллин, Рига и Моонзундские острова. После освобождения Таллина, несмотря на сложную минную обстановку, Балтийский флот получил возможность контролировать устье Финского залива.
