Через три дня, 13 апреля 1944 года, приказом наркома ВМФ была воссоздана Дунайская флотилия. Основой для её формирования послужила бывшая Азовская военная флотилия Черноморского флота. Переброска первых кораблей и материальной базы флотилии началась с Азовского моря в Одессу по железной дороге, поскольку Крым еще не был освобожден.
Директива Ставки Верховного Главнокомандования от 11 апреля 1944 года
«Народному Комиссару Военно-Морского Флота адмиралу тов. Кузнецову.
Командующему Черноморским флотом вице-адмиралу тов. Октябрьскому…
Ставка Верховного Главнокомандования Черноморскому флоту на 1944 год ставит задачи:
1) Систематически нарушать коммуникации противника в Черном море, а в ближайший период нарушение коммуникации с Крымом считать главной задачей. Для действия на коммуникациях использовать подводные лодки, бомбардировочную и минно-торпедную авиацию, а на ближних коммуникациях — бомбардировочно-штурмовую авиацию и торпедные катера.
2) Быть готовым к высадке в тыл противника тактических десантов силой батальон — стрелковый полк.
3) Охранять побережье и приморские фланги армии, содействовать фланговым частям армий при их продвижении огнем береговой и корабельной артиллерии мелких кораблей.
4) Повседневно расширять и закреплять операционную зону флота в Черном море путем уничтожения минных полей, открытия и поддержания своих фарватеров и маневренных районов, безопасных от мин.
5) Обеспечить свои коммуникации от воздействия противника, в частности организовав надежную противолодочную оборону.
6) Путем систематического траления в первую очередь создать возможность плавания по фарватерам с дальнейшим переходом к сплошному тралению загражденных минами районов.
7) Крупные надводные корабли тщательно готовить к морским операциям, которые будут при изменении обстановки указаны Ставкой.
8) Быть готовым к перебазированию флота в Севастополь и к организации обороны Крыма.
9) Быть готовым к формированию и перебазированию Дунайской военной флотилии.
В ходе операции по освобождению Крыма и Севастополя основная нагрузка легла на морскую авиацию Черноморского флота, которую предварительно серьезно усилили. Самолеты осуществляли минные постановки у Севастополя и в Сулинском канале, наносили удары по транспортам противника в море и в портах, бомбили скопления войск противника. На его морских коммуникациях были развернуты и активно действовали торпедные катера и подводные лодки. По различным данным, в ходе этих ударов было уничтожено от 50 до 80 кораблей и судов противника, в том числе и крупные транспорты «Тотила» и «Тейя», имевшие на борту по несколько тысяч немцев.
Операцию по освобождению Крыма войска 4-го Украинского фронта начали 8 апреля. 10 апреля был взят Перекоп. 13 апреля освобождена Евпатория, 14 апреля — Ак-Мечеть и Саки. 5 мая начался штурм Севастополя, 9 мая город был освобожден. Оккупанты потеряли убитыми более 20 тысяч человек, еще свыше 24 тысяч солдат и офицеров попали в плен.
