Плохо планировались операции, особенно с точки зрения организации взаимодействия ПЛО, ПВО, связи, из-за чего терялось управление целыми соединениями; штаб флота был оторван от района боевых действий; чрезмерно централизовалось управление силами. Указав в итоге, что отмеченные упущения в боевой деятельности флота являлись результатом недостаточного внимания командующего флотом к оперативным вопросам и руководству штабом, Кузнецов все же воздержался от ходатайства о снятии с должности Трибуца, которое само собой напрашивалось.
Несмотря на недовольство действиями Балтийского флота, в декабре 1944 года Сталин все же окончательно передал его в подчинение Кузнецова. Это было весьма своевременно: фронт ушел далеко на запад, а корабли остались в Кронштадте и Ленинграде, так как Финский залив был по-прежнему забит минами. В ходе последующих наступательных операций — Восточно-Прусской и Восточно-Померанской — наступление сухопутных войск поддерживали только морская авиация и легкие силы флота: торпедные катера и морские охотники.
Нарком ВМФ к началу 1945 года стал полноправным главнокомандующим ВМС над всеми флотами и флотилиями.
В преддверии кампании 1944 года Сталин, как мы уже знаем, сменил командование Черноморского флота. Возвращая на прежнюю должность Октябрьского, Сталин учитывал продолжительный опыт его командования этим флотом и рассчитывал, что в более благоприятных условиях тот справится с поставленными задачами на хорошо знакомом театре военных действий. Кроме того, получив шанс на реабилитацию, Октябрьский должен был лезть из кожи вон, чтобы загладить свои былые огрехи. Причем если раньше он подчинялся главкому Юго-Западного направления, что позволяло ему интриговать, лавируя между Буденным и Кузнецовым, то теперь Черноморский флот перешел в полное подчинение наркомата, а значит, любой его промах будет использован против него.
Однако Верховный Главнокомандующий все еще не верил, что адмиралы смогут грамотно распоряжаться крупными кораблями. И в Крымской операции, и при освобождении Одессы, и в ходе дальнейшего продвижения вдоль румынских берегов, и в штурме Сулина участвовали в основном торпедные катера и авиация при поддержке подводных лодок. Линкор, крейсера и эсминцы Сталин предпочел держать подальше от театра боевых действий, в Поти.
Возвращению Одессы придавалось особое значение. Оно привело бы к изоляции с суши крымской группировки немцев. Кроме того, это означало бы перенесение военных действий на территорию Румынии, ставило под угрозу румынские порты и нефтяной район Плоешти. В Одессу и Очаков можно было бы перебазировать торпедные катера и подводные лодки, которые наглухо перекрыли бы северочерноморские коммуникации немцев.
Поэтому решением Кузнецова морская авиация и торпедные катера были сразу же перебазированы в район Каркинитского залива, тогда же в Скадовске была создана и Очаковская военно-морская база. На позиции к Крыму были направлены подводные лодки. Операция по освобождению Одессы войсками 3-го Украинского фронта заняла менее трех недель — с 26 марта по 14 апреля 1944 года. В это время Черноморский флот вел боевые действия на морских коммуникациях, оказывая содействие наступающим войскам.
Одесская операция началась с высадки тактического десанта в Николаевском порту в составе 67 человек, под командой старшего лейтенанта К. Ф. Ольшанского. После захвата части порта десантники в течение двух суток отбили 18 ожесточенных атак, уничтожили около 700 фашистских солдат. К концу боя в живых остались только 12 человек. После доклада Кузнецова о подвиге николаевского десанта Сталин отдал распоряжение увековечить подвиг моряков. Приказом Верховного Главнокомандующего 384-му отдельному батальону морской пехоты было присвоено почетное наименование «Николаевский». Кроме того, всем 67 участникам десанта было присвоено звание Героя Советского Союза. Награждение всех без исключения военнослужащих подразделения высшим званием СССР явилось единственным не только за всю историю Великой Отечественной войны, но и за всю историю СССР.
Николаев был освобожден 28 марта. Штурмовавший его батальон морской пехоты и одно из гвардейских соединений морской авиации заслужили благодарность Верховного Главнокомандующего и почетное наименование Николаевских. 31 марта был освобожден Очаков, а 10 апреля — Одесса.
