В марте 1940 года Кузнецов лично проинспектировал работы, ведущиеся на Ханко. Сам полуостров представлял собой хороший опорный пункт, однако не обеспечивал создания надежной системы обороны: «Порккала-Удд, на который опиралась минная позиция в Первую мировую войну, теперь принадлежал Финляндии. Арендованный нами полуостров Ханко находился значительно западнее, и это затрудняло дело. К тому же Финское побережье нависало над всеми нашими коммуникациями от Таллина до Кронштадта. Поведение тогдашнего финского правительства не вызывало сомнений, что в случае войны с Германией Финляндия будет на ее стороне».
В начале октября 1940 года в Ленинграде Кузнецов провел совещание представителей Главного Морского штаба, авиации ВМФ и Военно-морской академии «по вопросу освещения опыта современной войны». По замыслу организаторов выходить из круга проблем, составлявших предмет оперативного искусства и тактики, не предполагалось. Однако без обращения к стратегии, планам строительства Вооруженных сил, планам войны обойтись не смогли. Исаков заявил, что приведение на современный уровень Вооруженных сил требует согласования программы судостроения и планов строительства авиации ВМФ с задачами борьбы с конкретным противником. Высказал он мнение и о том, что назрели изменения в организационно-штатной структуре флота как вида Вооруженных сил и не следует считать себя связанными «теми организационными формами, которые у нас есть».
Вице-адмирал С. П. Ставицкий заявил, что «в современном морском бою надводные корабли являются основой соединений» и лишь они способны оказывать содействие сухопутным войскам на приморском направлении. Это был окончательный отход от учения «молодой школы». Ставицкий не скрывал своей приверженности идее «сосредоточенного удара», из чего делал вывод о том, что тяжелые артиллерийские корабли должны строиться не вместо легких надводных сил, а вместе с ними.
Все эти рассуждения были отредактированы Кузнецовым, после чего легли на стол Сталину. После этого последовало его разрешение на изменение структуры флотов, которая более соответствовала будущим задачам. Так были образованы эскадры надводных кораблей, основу которых составляли линкоры, и вся система действий планировалась вокруг них.
Первые две эскадры, на Балтийском и Черноморском флотах, Кузнецов создал еще в июне 1939 года. Они были предназначены для решения оперативных боевых задач на морских и океанских театрах военных действий. Командующим Балтийской эскадрой был назначен флагман 2-го ранга Н. Н. Несвицкий, а Черноморской — капитан 1-го ранга (с 1940 года контр-адмирал) Л. А. Владимирский. Оба принадлежали к «команде Кузнецова». Первый некогда был его командиром, а второй сослуживцем по крейсеру «Червона Украина». В состав эскадр вошли линкоры, крейсера, эсминцы и сторожевые корабли, объединенные в бригады и дивизионы. Помимо этого, в их составе были сформированы отряды легких сил (ОЛСы), включавшие наиболее скоростные крейсера и эсминцы, задачей которых являлись дальняя морская разведка и набеговые операции.
К сожалению, созданные эскадры были весьма малочисленны и едва ли могли в полной мере выполнять возложенные на них задачи. Так, Балтийская помимо эсминцев имела в своем составе лишь два устаревших линкора, два крейсера и два лидера, а Черноморская — один устаревший линкор, пять крейсеров и три лидера. Но наполнение оперативных объединений было делом времени. К моменту поступления новых океанских кораблей оперативные объединения должны были быть уже полностью отработаны и слажены. Что касается Северного и Тихоокеанского флотов, то там формировать эскадры было пока просто не из чего. Создание эскадр на этих флотах планировалось с поступлением первых новых крейсеров и линкоров.
Вместе с тем после вторжения Германии в Польшу стало очевидно, что новая мировая война для СССР будет носить ярко выраженный континентальный характер, когда океанский флот не нужен. В связи с этим вначале было замедлено, а затем и вовсе прекращено строительство линкоров и тяжелых крейсеров, а упор сделан на ускоренное строительство эсминцев и подводных лодок и других более мелких кораблей.
