23 августа 1939 года СССР и Германия подписали Пакт о ненападении. Одновременно с политическим сближением усилилось и военно-экономическое взаимодействие СССР и Германии. Для ВМФ это выразилось в закупке технической документации для подводных лодок и покупке недостроенного немецкого тяжелого крейсера «Лютцов». На покупке «Лютцова» настоял Сталин, хотевший таким образом как можно скорее получить в состав ВМФ хотя бы один новый тяжелый корабль океанской зоны, а также приобрести у немцев новые технологии. Вскоре немцы перегнали в Ленинград недостроенный тяжелый крейсер, который еще предстояло дооборудовать и вооружить.
Помимо этого, имели место и особые секретные договоренности. Также осенью 1939 года между СССР и Германией был подписан секретный договор о создании в Мурманской области на берегах губы Большая Западная Лица (ныне г. Заозерск) секретного немецкого военного объекта «Пункт Норд», или «Базис Норд». В связи с начавшейся войной с Англией Германия остро нуждалась в североатлантической базе, с прямым выходом в океан. Есть неподтвержденные сведения, что уже в ноябре 1939 года «Базис Норд» посетили первые немецкие подводные лодки U-38 и U-36. Официальное разрешение на их заход туда и снабжение Германия получила по представлению Кузнецова лично от Сталина.
«Базис Норд», безусловно, являлся инструментом нашего политического давления как на Германию, так и на Англию. Всего до официального закрытия в сентябре 1940 года в данную базу заходили около 20 кораблей и транспортов Германии, в том числе танкеры снабжения тяжелых крейсеров типа «Адмирал Хиппер» и метеорологические суда, высаживавшие экспедиции на Землю Франца-Иосифа.
Начиная с 6 сентября 1939 года в Мурманск один за другим, без всякого предупреждения, начали заходить и немецкие торговые суда, включая знаменитый пассажирский лайнер «Бремен», до войны завоевавший «Голубую ленту Атлантики». К середине сентября на мурманском рейде скопилось уже 17 немецких торговых судов. Начавшаяся Вторая мировая война застала эти суда в море, и теперь они искали спасения в нейтральном советском порту. После того как Кузнецова оповестили о «нашествии» немецких судов по линии НКВД, он вышел на Сталина с предложением отправить большую часть команд (около двух тысяч человек) в Германию. Что касается судов, то все они также постепенно покинули Мурманск.
Военно-морское сотрудничество с Германией продолжилось в июле — сентябре 1940 года. Самому же Кузнецову поручили организации экспедиции особого назначения (ЭОН-10) по проводке с помощью наших ледоколов Северным морским путем в Тихий океан немецкого вспомогательного крейсера (рейдера) «Комет». Как ни старались обе стороны сохранить эту операцию в тайне, утечка сведений все же произошла, что вызвало ноту английского правительства. В своих воспоминаниях Кузнецов не рассказал о своем отношении к истории с «Базис Норд» и к проводке «Комета». Однако с учетом преобладавших тогда настроений среди советских моряков в душе он такую политику, думается, не одобрял.
Впрочем, и без внешней политики дел в последние предвоенные годы у молодого наркома ВМФ хватало с избытком — и в Москве, и на флотах, куда он постоянно выезжал на учения.
В феврале 1941 года Кузнецов подписал директиву, в которой поставил флотам задачу на разработку планов прикрытия, включавших совместные с армией действия на случай внезапного нападения противника. В документе четко указывалось, что противником следует считать коалицию государств во главе с Германией (Румыния, Финляндия, Венгрия, Швеция и Италия). На востоке предполагалось вооруженное выступление Японии.
В том же феврале Кузнецов доложил Сталину, что немцы начали задерживают поставки оборудования и вооружения для крейсера «Лютцов» — скорее всего, преднамеренно. Сталин внимательно выслушал наркома и предложил впредь подробно сообщать, как пойдет дело.
Тогда же у Кузнецова состоялся разговор со Ждановым. На вопрос, не являются ли действия Германии вблизи наших границ подготовкой к войне, тот ответил, что Германия не в состоянии воевать на два фронта, а нарушения нашего воздушного пространства и стягивание немецких сил к границе он расценивает как меры предосторожности и средство психологического давления.
Одновременно Кузнецов послал на все флоты комиссии Наркомата ВМФ — проверять отработку перевода сил в повышенные степени боевой готовности. Так, в феврале он проверил флоты по готовности к минным постановкам, в апреле — по готовности боевого ядра, а в мае — по готовности сил ПВО. При этом по указанию наркома члены комиссий не только фиксировали выявленные недостатки, но и на месте оказывали помощь в их устранении.
