Когда Иоанн Васильевич подавил новгородский мятеж, раввины бежали вслед за литовцами, а еретики из Русских затаились. В конце 1479 г. Иоанн III вновь прибыл в уже окончательно покорённый им Новгород и был, пишет профессор А.В.Карташев, «очарован талантами и обходительностью хитрых вольнодумцев-протопопов. Он решил перевести их в свою столицу. Алексея он сделал протопопом Успенского собора, а Дениса - Архангельского [то есть главных храмов Кремля]. Надо думать, что этот почётный перевод - не единоличный вымысел великого князя, а подсказан ему самим тайным союзом жидовствующих, московская ветвь которых завелась уже при самом дворе». Возможно, так и было, хотя многие историки считают, что именно с прибытия новгородских
Так или иначе, при дворе главой жидовствующих стал Феодор Курицын. Он считался учеником протопопа Алексея (тайно наречённого Авраамом), который, «служа» (не Богу, конечно) в алтаре, плясал, диавольски кривляясь, изгалялся, лаял и плевал на иконы, кусал кресты, матерился, а в доме Курицына, где проходили сборища еретиков, он преподавал членам секты оккультные науки. Среди присных думного дьяка выделялись его брат Иван (Курицын-Волк), упомянутый ранее, крестовые дьяки Истома, Сверчок, купец Семён Клёнов (ставший оккультным писателем). Трое последних, по свидетельству Иосифа Волоцкого,
Вступившая в секту княгиня Елена, невестка великого князя и мать намеченного в наследники отрока Димитрия, обещала еретикам покровительство «будущего государя». Курицын же обхаживал настоящего, используя его доверие. Думный дьяк не скупился на лесть в адрес Иоанна Васильевича и клеветал на своих противников, блистая красноречием, в то время как лукавый протопоп Алексей, по свидетельству современников, не брезговал воздействовать на великого князя и чарами. Иначе как объяснить поведение последнего в отношении еретиков, обличаемых Святыми Отцами? Иоанн III, владыка великий, здравый умом и сильный волею, около 20 лет попустительствовал жидовствующим, словно не видел их злочестия.
Семнадцать лет со дня основания секты (1470 г.) еретикам удавалось скрывать её существование. И всё же, пословица гласит:
В 1487 году архиепископу Геннадию Новгородскому донесли о ссоре четверых перепившихся попов, яростно обличавших друг друга в сатанинских безобразиях, и таким образом раскрывших себя. Святитель тотчас же взял их под стражу и о случившемся доложил в Москву. Геннадий знал и раньше об иконоборчестве Дионисия с Алексеем, только не в силах был доказать оного, тем паче, после отъезда их в столицу. И вообще, он сам ещё не ведал о существовании секты. Теперь её тайна раскрылась.
На письмо своё Святитель Геннадий получил ответ великого князя:
Об остальных арестованных новгородцах великий князь писал Геннадию: