Даян-хан при создании государства столкнулся с совершенно иными проблемами, чем Эсэн. Эсэн в первый период своей карьеры много времени отдавал установлению в степи политического господства. Он всерьез занялся нападениями на Китай только после того, как покорил племена вдоль границы. Даян-хан предпринял атаки на Китай, не установив контроля над своими соседями. Он сумел склонить последних к сотрудничеству, поскольку был официально признанным ханом из рода Чингисидов и широко известным организатором набегов, столь популярных среди кочевников. Однако Даян-хан всегда встречал активное сопротивление, когда пытался навязать свою волю вождям племен в вопросах, не связанных с военными предприятиями. В 1509 г., когда он назначил одного из своих сыновей руководить племенами в Калгане и Ордосе, среди последних началось восстание. Оно продолжалось около четырех лет, и для того, чтобы подавить его, Даян-хану пришлось прекратить нападения на Китай вплоть до 1514 г.
Перед тем как возобновить атаки, Даян-хан реорганизовал кочевников и изменил применявшуюся им военную тактику с целью увеличения давления на минский двор. Он создал около 30 укрепленных лагерей, служивших постоянными опорными базами, откуда можно было осуществлять регулярные набеги на границу. Даян-хан также сформировал гвардейский корпус из 15 000 воинов для нападения на крепость Сюаньфу, которая была одним из наиболее важных стратегических пунктов Мин на границе. Все это позволило монголам взять Пекин в кольцо, и в 1516 г. монгольская армия численностью около 70 000 человек вторглась в район к востоку от столицы и разорила там несколько городов. В следующем году 50 000 монголов атаковали столичный округ. Отражая это нападение, Мин добилась одного из редких успехов в борьбе против Даян-хана и вынудила его отойти.
Усиливающееся военное давление монголов ослабло только тогда, когда в степи начались внутренние раздоры. Даян-хан был вынужден прекратить нападения, чтобы подавить восстания в Ордосе и Кукуноре. Только в 1522 г. он опять серьезно потревожил границы Китая, а в следующем году организовал набег на окрестности Пекина. Одновременно он послал отряд для захвата Ганьсу. Даян-хан продолжал ежегодные нападения до 1532 г., а потом предпринял попытку заключить мир. Несмотря на все возрастающую военную слабость, Мин с конца XV в. значительно ужесточила свою позицию в отношении кочевников. До этого она принимала даннические миссии и награждала их участников, а теперь даже отказалась принимать посольства из степи. После того как миссии Даян-хана было отказано в приеме, он предпринял новую серию нападений, которые прекратились только с его смертью в 1533 г.
После смерти Даян-хана под властью восточных монголов находились вся Южная Монголия и восточная часть Северной Монголии. Длительное правление и чингисидское происхождение Даян-хана, а также слава его потомков позволили ему занять важное место в монгольской истории. Однако, несмотря на свои многочисленные победы, он не смог добиться установления централизованной внутренней власти над всеми племенами в степи. Даян-хан происходил из дома Юань, и это помогло ему добиться официального подчинения со стороны местных племенных вождей, так как марионеточные династии Чингисидов всегда признавались в качестве формальных властителей в степи, но превращение формального признания в реальную политическую власть было весьма трудным делом. Эсэн и Аруктай хорошо понимали это, поскольку использовали марионеточных Чингисидов и организовывали военные кампании не только для того, чтобы добиться признания своих чингисидских ставленников, но и для усиления собственной власти.