Началась подготовка к отправке в Индию следующей экспедиции. Тринадцать судов, вооруженных пушками, и 1200 человек экипажа под командованием Педру Альвариша Кабрала добрались сначала до берегов Бразилии, где взяли эти земли под португальскую корону. Лишь спустя десять дней экспедиция отправилась в дальнейший путь. И снова в Малинди португальцы взяли на борт лоцмана, который направлял эскадру кораблей. В сентябре 1500 года Кабрал прибыл в Каликут, где заморин позволил ему основать факторию.
Однако у португальцев возникли проблемы с мусульманскими купцами. 17 декабря на факторию напал отряд мусульман. Большая часть оборонявшихся была убита. Кабрал ответил на это, расстреляв город из пушек, захватив десяток мусульманских судов и казнив их экипаж. После этого он отправился на юг, в Кочин. Там Кабрал возобновил торговлю пряностями, набив трюмы шести оставшихся у него судов. 16 января 1501 года экспедиция Кабрала взяла курс на обратный путь, который завершился 23 июня 1501 года. Из 13 судов на родину вернулось лишь четыре.
Несмотря на то что король был доволен результатами путешествия Кабрала, начальником следующей экспедиции он вновь выбрал Васко да Гаму. Согласно некоторым источникам, да Гама был недоволен тем, что в прошлый раз король выбрал Кабрала, поскольку стоял выше по иерархической лестнице — был награжден титулом адмирала Индийского океана. Также, по мнению да Гамы, путешествие Кабрала потерпело фиаско, поэтому его нельзя было ставить командиром.
Индийская армада была собрана в 1502 году. Король был разочарован, поскольку оказалось, что никаких христиан в Индии нет, и его война против мусульман не получила подкрепления. Целью армады было наказать индусов в Каликуте: за убийство португальских защитников фактории нужно было отомстить. У да Гамы было 20 вооруженных кораблей. Его целью было навести страх на портовые города Индийского океана и препятствовать торговле других купцов. Этим да Гама владел в совершенстве.
Армада напала на город Килва на побережье Танзании. Килву обложили данью. Португальцы ввели свои законы и запретили другим купцам входить в город. Таким образом, вышло, что местные торговцы потеряли средства к существованию.
После этого да Гама отправился на Гоа, а оттуда к Каннуру, где остановился и начал поджидать арабские корабли. Первое судно появилось спустя несколько дней. 1 октября 1502 года да Гама остановил паломнический корабль, который возвращался из Мекки в Малабар.
Португальский хронист Гаспар Коррейра, живший в XVI веке на Гоа, описывает действия да Гамы в отношении паломников как хладнокровную жестокость. Он напал на судно, перевозившее от 200 до 400 человек, включая женщин и детей. Ограбив путешественников, он запер их на корабле, не обращая внимания на мольбы о спасении, предложения выкупа и плач женщин и младенцев. Мусульмане предлагали ему украшения и драгоценные камни в обмен на жизнь. Да Гама был неумолим — он приказал поджечь корабль. Один из очевидцев, Томе Лопес, так описал эту сцену: «Я буду вспоминать увиденное каждый день до самой смерти. Женщины, молящие о пощаде, срывающие с себя золото и протягивающие морякам посреди моря огня, прыгали в волны, прижимая к себе младенцев и пытаясь их защитить. Да Гама безучастно, без выражения и сострадания смотрел на то, как утонул последний паломник».
Был ли рассказ участника экспедиции да Гамы Томе Лопеса преувеличением или же нет, но в любом случае португальцы и их манера вести дела стали вызывать страх. Армада на всех парусах отправилась к Каликуту, чтобы наказать заморина за покровительство арабским купцам. В октябре 1502 года да Гама опустил якоря в порту Каликута и потребовал от заморина, чтобы тот изгнал из города купцов-мусульман. Доводы, приведенные Васко да Гамой и записанные историком Жуаном ди Баррушем, наверняка прозвучали по-детски в ушах заморина. «Испокон веков мавры были врагами христиан, а христиане — врагами мавров. Они всегда противостояли друг другу и поэтому никогда не договорятся между собой».
Васко да Гама вел себя как главарь мафиози или уличной банды. Он был нетерпелив и склонен к насилию и вспышкам гнева. Заморин Каликута вызывал у него раздражение. Он, очевидно, предполагал, что угрозы — единственный способ удачно вести торговлю.
