Здесь, под Шлиссельбургом, Паткуль составил подробный отчёт для Головина о своей деятельности оберкригскомиссара, а 14 июня передал царю проект предложения об образовании более крупного альянса, направленного против Швеции. Стержневым моментом проекта был отрыв Пруссии от Швеции. Граф Пипер, однако, опередил Паткуля: в конце июля 1703 года между Пруссией и Швецией был заключён тайный союз, согласно которому Швеция признала за Фридрихом статус короля. Разгневанный Пётр хотел было арестовать прусского посланника Кайзерлинга и наказать служивших в русской армии прусских офицеров, но отсоветовал Паткуль.
Кипучая и деятельная натура Паткуля и здесь, в русском лагере на берегах Невы, нашла себе приключения. Некто фон Корнберг, иностранный офицер, сменивший несколько иностранных армий и поступивший на русскую службу не без помощи оберкригскомиссара царя, профессиональный проходимец и бретер, из-за своей некомпетентности разжалованный из генерал-лейтенантов в простого офицера, решил отмстить Паткулю, которого он считал виновного во всех своих бедах. С клеветническим доносом Корнберг обратился к царю, призывая его прогнать прочь «негодяя» Паткуля. Царь не внял советам Корнберга и рассказал обо всём Паткулю. Тот решил вызвать Корнберга на дуэль, царь разрешил дуэль, но без применения оружия – на кулаках. Паткуль согласился на этот необычный русско-английский вариант выяснения отношений и сделал противнику вызов, но жалкий трус Корнберг на «кулачки» не явился. Как-то проходя по лагерю, Паткуль обнаружил своего обидчика, подошёл к нему, дал пощёчину, а потом уже передал его на «обработку» своим ординарцам.
Вместе с Царём Паткуль принимал участие в боях на реке Сестре против шведских частей генерал Крунхъорта. Устрялов Н. Г. описывает эпизод, в котором Паткуль критикует царя за горячность и безответственность – не царское это дело водить в бой взводы и роты! Царь должен был беречь себя для государственных дел. Историк пишет, что Пётр этот упрёк принял благосклонно.
В этот период Паткуль должен был стать свидетелем одного удивительного и драматичного по своему содержанию эпизода. В марте, участвуя при спуске корабля в Шлиссельбурге и карабкаясь по каким-то мосткам, сорвался вниз и утонул вышеупомянутый саксонский резидент полковник Кёнигсекк. Царь приказал вытащить упавшего посланника из трясины, и когда его приказ был исполнен, обнаружилось, что Кёнигсекк был мёртв. Саксонец был уже оформлен на русскую службу, хотя и продолжал исполнять обязанности посланника Августа. Во избежание утечки информации Пётр дал указание, прежде чем определять труп в мертвецкую, обыскать все карманы погибшего и найденные бумаги передать в его распоряжение. Каково же было удивление Петра, когда среди бумаг Кёнигсекка было обнаружено любовное письмо… Анны Монс, старой любовницы Петра! Пётр был ошеломлён вероломностью немки, к которой он, как известно, питал искреннюю и долгую привязанность. Продолжая получать богатые подарки и приношения от Петра, начиная драгоценностями и кончая деревеньками с крепостными душами, «Монсиха» вступила в связь с саксонцем, причём последний, как явствовало из письма, имел по отношению к ней самые серьёзные намерения. Пётр приказал посадить Анну под домашний арест, строго запретив ей, под страхом смерти, покидать дом. В таком состоянии Монс пребывала несколько лет, пока её не освободил новый жених, прусский посланник Кайзерлинг, но это уже другая история.
Выезжая в Россию, Паткуль взял с собой Х. Хюйсена, который ввиду крушения планов воспитания царевича Алексея в Австрии, был рекомендован им в качестве хофмейстера царевича. Паткуль лично набросал план воспитания Алексея, который, по признанию Е. Эрдманна, даже с точки зрения человека ХХ века выглядел весьма современным. К сожалению, этому плану на практике не последовали, а жаль: случись иначе, царевич, возможно, пошёл бы другим путём и не кончил свою жизнь таким трагическим образом.
Доверие царя к Паткулю было в этот момент так велико, что Паткулю наконец-то удалось убрать с поста великого канцлера Саксонии ненавистного Байхлингена. Когда фон Арнштедт доложил Августу о том, каким большим влиянием Паткуль пользуется при дворе Петра, то король, во избежание трений с Москвой, должен был наконец-то не только расстаться со своим премьер-министром, но и отдать его под суд и посадить в крепость. Впрочем, это не прибавило королю любви к Паткулю, и он продолжал настраивать против него царя.
