Несмотря на тяжелый климат, алеуты и русские болели редко, чаще инфекцию привозили к ним на кораблях, и тогда эпидемия выкашивала и так немногочисленное население островов. «Прошедшею осенью здесь были поветрия: кашель и колотье. И почти всех перебрала и убавила народонаселения, и особенно на Унге, где она была в октябре. Меня Бог избавил, и едва ли не я один только не испытал ее. Сказывают, что завез сию заразу нам „Рюрик“ с островов…»
Вениаминов десять лет вел метеорологические наблюдения, измерял температуру и показания барометра, заносил их в журнал и отправлял на кораблях компании в Петербург. Он описывал календарную весну, которая наступала не ранее середины апреля, и лето, что устанавливалось с середины июля, наблюдал, как в октябре приходит осень и с середины декабря — зима. Он подсчитывал сухие и дождливые, ясные и безоблачные дни, солнечных оказалось в году от 100 до 160; замечал, при каких ветрах выпадал сухой и при каких — мокрый снег; в какие месяцы обыкновенно сходили туманы, он даже описал некое свечение у горизонта, напоминающее северное сияние, что случилось в феврале 1831 года. Его метеорологические наблюдения получили высокую оценку Ф. П. Литке, будущего президента Петербургской академии наук. «Поблагодари отца Иоанна, — просил он в письме Ф. П. Врангелю, — не от моего лица, а от лица науки за продолжение его присылок… Я твердо уверен, что он по всем отношениям мог быть полезнее всех своих собратьев, вместе сложенных и помноженных на десять».
Анализируя многолетние наблюдения, Вениаминов определил факторы, влияющие на погоду в Уналашкинском отделе. Первый из них — холодное море, что окружает острова, в нем температура редко поднималась до плюс 6 градусов, и «ветер, с которой бы стороны ни задул, пробегая пространство моря, должен принять и температуру, близкую температуре воды». К тому же острова лежали на границе двух морей, «одно касается экватора, а другое — полюса», и потому здесь «вечные облака», замечал отец Иоанн. Влияли на климат и понижали температуры льды, их почти каждую зиму пригоняли к островам волны Берингова моря, да и сама почва острова из-за неглубоких снегов промерзала от 4 до 10 дюймов. И конечно, влияли на климат горы, вершины которых покрывали вечные снега, если ветер задувал с гор, то «пронизывал до костей».
Старожилы острова вспоминали, что раньше лето было теплее, зима — морознее, снега — глубже и ветров было гораздо меньше, и если уж они задували, то «во всякое время года дули свои известные ветра». Но времени, когда бы ветры вовсе не дули, старожилы не помнили. Как определил Вениаминов, поистине — «здешнее место есть царство ветров».
Населению островов и Аляски Вениаминов посвятил два тома своих «Записок…», подробно описав внешность, характер, уклад жизни, привычки и обычаи аборигенов, созданные ими сказания и мифы. В то время когда Вениаминов жил на Уналашке, К. Хлебников собирал материал для своих «Записок о колониях в Америке» и нередко просил отца Иоанна расспросить старожилов о том или ином событии, собрать сведения о жителях. Так, подвигнув Вениаминова к разысканиям и наблюдениям, Кирилл Тимофеевич стал невольным вдохновителем его литературных трудов. Сам Вениаминов, проявляя необычайную скромность, своей писательской работе значения не придавал, называл «маранием»: «…я не думал никогда быть сочинителем, ничего не собирал, но если угодно вам… я постараюсь вам доставить все то, что я могу спросить-узнать-собрать-заметить-сказать и проч., проч. касательно здешних происшествий». Свои заметки он переслал и великодушно предложил Хлебникову, не смущаясь, использовать их и даже напечатать под своим именем. Однако Хлебников высоко оценил труды отца Иоанна, в ссылках не забывал указывать его имя и хлопотал об издании «Записок…» Вениаминова в Петербурге. «Книга эта… замечательна тем, что написана прекрасным, легким и живым языком», — отзывался о ней И. Гончаров.
Алеутов описывали многие из тех, кто побывал на островах: правитель Баранов, когда зимовал на Уналашке, мореплаватели Давыдов и Сарычев, ученый Лангсдорф и священник Вениаминов. Сравнивая эти описания, нетрудно заметить очевидные различия: у Вениаминова алеуты выглядят совсем иными людьми. Нет, особенности их бытовой жизни остались теми же, и в оценке характера алеутов нет и намека на прекраснодушие — но мы не найдем и естественного, казалось бы, отвращения и брезгливости к «диким». С доброй и участливой улыбкой смотрит он на алеутов, в то же время взгляд его глубок и внимателен, замечания остры и точны, они выдают в нем тонкого психолога. Не придавая значения своему «маранию», Вениаминов тем не менее уловил и обозначил главное в письме: «Писатель должен не только знать и понимать свой предмет, но и чувствовать, живо чувствовать».