Столичный Патриарх, архиепископ Константинополя, как первосвященник формально был независим от государя ромеев, но на деле он весьма зависел от его расположения. Недаром около 30 % всех известных с VI в. византийских Патриархов, в том числе признанные авторитеты в делах Церкви и вопросах богословия, вынужденно уходили или даже низлагались из-за конфликтов, серьезных противоречий с императорами, что иногда вызывало крупные политические потрясения в Империи. Особенно это было опасно тогда, когда государь вторгался в сферу сложных богословских вопросов и вызывал внутрицерковные противоречия. Вместе с тем Константинопольский патриарх мог организовать эффективное противодействие воле императора уже хотя бы потому, что был человеком наиболее близким государю, его советником и наставником, который проводил коронации, крестины, заупокойные службы в семье самого императора и его родственников, принимал исповеди, заставлял их каяться в совершенных грехах. Он же являлся главой правящего Священного Синода. Это собрание духовных лиц, епископов, ставшее уже с IV в. постоянным в связи со всем более увеличивающемся количеством дел, готовило и принимало все важные акты, связанные с жизнью Церкви. Со временем Синод разросся за счет большого штата клириков, принадлежавших Великой церкви — Св. Софии, и превратился в настоящий административный совет, отчасти скопированный с императорского. В его состав входили такие важные церковные начальники-архонты как сакелларий — церковный казначей, а позднее инспектор монастырей; эконом, надзиравший за хозяйством Церкви; скевофилак — хранитель сокровищ Великой церкви; хартофилак — глава патриаршей канцелярии, хранитель документации и прочие. Лишь с IX в. его состав сузился до высших иерархов — митрополитов, архиепископов и ближайших помощников Патриарха. Священный Синод влиял и на экдикион, — созданный при Юстиниане церковный трибунал из служащих патриаршей Церкви. В общем, «рычагов воздействия» хватало.
Митрополитов назначал опять таки лично Патриарх, который выбирал их из трех кандидатов, предложенных Священным Синодом. Его контроль выражался в присутствии патриаршего представителя на избрании митрополита и вручении избраннику омофора — особой накидки-шарфа как знака согласия и защиты.
В конце IV в. появились епископы с церковным титулом экзарх. Чаще всего так назывался верховный архиепископ, которому во всем церковном диоцезе, то есть крупном церковном округе, подчинялись другие митрополиты — главы церковных областей на территории такого большого округа.
Но были автокефальные — дословно с греч. «самоглавные», не подчинявшиеся своему местному митрополиту, епископы, независимые друг от друга. Такие «самоглавные» архиереи подчинялись только непосредственно Патриарху и находились под его юрисдикцией, либо были главами самостоятельных и равноправных Поместных Церквей, то есть частей единой Вселенской Церкви. Они поставлялись архиереями своей Церкви и, значит, имели самостоятельный источник власти, пользовались самостоятельностью в области административной и судебной деятельности, сами составляли новые чинопоследования, песнопения, канонизировали своих святых, приготовляли для себя важное для церковных обрядов и Таинств святое миро. Вместе с тем самостоятельность их не следует преувеличивать, поскольку они входили во Вселенскую Церковь. Вопросы об учреждении и упразднении таких автокефальных Церквей, как и Поместных Церквей, объединявших несколько епископий во главе с первым епископом, решал Вселенский собор — высший и чрезвычайный орган епископской власти, или епископат Поместной Церкви, собиравшийся на свой Поместный собор, или на малый собор — синод. Случаев самочинного провозглашения автокефальных и тем более автономных Церквей византийская Церковь долгое время не знала.
Нетрудно заметить, что церковная структура во многом унаследовала позднеримскую гражданскую административную структуру окружавшей ее Империи, в которой тоже были диоцезы, эпархи, их наместники, викарии, что останется в Католической Церкви навсегда.
