Ещё более острый конфликт вспыхнул в Церкви к середине V в. с появлением популярного богословского направления, получившего условное название монофиситства (в переводе с греческого — моно — «единая» и фисис «природа»). Оно было вызвано полемикой ортодоксальных халкидонитов с несторианами, да и вообще борьбой православных с любыми антихалкидонитами и миафиситами, то есть сторонниками «одной воплощенной природой» Христа. Активным проповедником нового учения стал еще один архимандрит, семидесятилетний константинополец Евтихий (ок. 378 — после 454 г.), имевший высокие связи при дворе Феодосия II благодаря своему влиятельному крестнику, уже известному нам евнуху Хрисанфию, управлявшему финансами Империи. Недруги едко прозовут этого Евтихия Антихием, то есть «несчастным». В противовес Несторию, но и Никейскому Символу Веры, он решительно утверждал, что Иисус Христос состоял до единения, или воплощения из двух естеств — божественной и человеческой, а после воплощения Ему была присуща уже лишь одна и притом только божественная природа, в которой, как капля воды в море, растворилась человеческая сущность (природа) Иисуса. Тем самым напрашивался вывод, что Спаситель не мог чувствовать ни страданий, ни голода, точнее, он их чувствовал совсем не так как человек. Его человеческое лицо исчезало. Более того, распятым за искупление человеческих грехов оказывался не богочеловек, а… сам Бог!
Но Евтих требовал от духовенства отказа от роскоши и земных благ, чем множил широкие ряды своих приверженцев. Сочувствие к новому учению выразил даже сам император Феодосий II, переживавший за единство Церкви и искавший спасительного компромисса. Не мудрено, что на вновь созванном Соборе в Эфесе в 449 г. под председательством Диоскора, Патриарха Александрии, для поддержки которого император решился даже на скандальное введение в зал заседаний вооруженной стражи, победили сторонники Евтихия. Не помогло отвержение этого Собора Папой Львом I Великим, впоследствии обозвавшим его Latrocinium — «Разбоем».