Весной 1742 года, после восшествия на престол императрицы Елизаветы, Арсений и архиепископ Новгородский Амвросий (Юшкевич) подали «Доклад о благочинии церковном» (написан в 1742 году, опубликован в 2001 году) [Диомид 2001: 207–227]. В докладе говорилось, что «Церковь… едина ко спасению от Христа дана», ибо Церковь – это «Тело Христово», соединенное «единым духом» [Диомид 2001: 207–209]. Арсений утверждал, что власть епископов восходит через 12 апостолов к самому Христу; следовательно, ослушаться епископа – значит прямо нарушить повеления Христовы, а такое нарушение должно иметь роковые последствия для беззаконника [Диомид 2001: 210–211]. Арсений утверждал, что только епископ или рукоположенный священник может совершать таинства: мысль о том, что их может совершать мирянин, «безбожная» и «еретическая» [Диомид 2001: 211–212]. Из этих посылок, как полагал Арсений, следовало, что в нравственных вопросах Церковь независима от светской власти и главенствует над ней. Церковь, как утверждал Арсений, «от гражданских же судов совсем выключена, и гражданству, паче же православному, якоже в дело служения священническаго, тако и в суда духовная отнюдь нельзя мешаться» [Диомид 2001: 213]. Он считал, что все истинные христианские монархи, включая Петра Великого, понимали и принимали это различие между светской и церковной властью [Диомид 2001: 214–215].
В Киевской Руси, по мнению Арсения, задача контроля над церковной дисциплиной и благочестием возлагалась на местных епископов или киевского митрополита, в московскую эпоху – на патриарха, а в петровскую – на Святейший Синод. К сожалению, утверждал Арсений, Синод не был санкционирован четырьмя православными патриархами. Он также отмечал, что все дореформенные аргументы в пользу Синода и против патриаршества были спекулятивными. Он утверждал, что оправдывать Синод на том основании, что ранняя Церковь управлялась соборами, напоминающими иудейский Синедрион или афинский суд на Ареопаге, – значит мыслить в протестантском духе. Сказать, что коллективные решения Синода непременно лучше, чем единоличные решения патриарха – значит не понимать, что патриарх в Церкви – один из братьев. Но кроме того, такое убеждение содержит в себе неявную критику монархической власти. Арсений считал, что если понять буквально аргумент Феофана Прокоповича против личного правления, «то надобно по сему не только духовныи, но и гражданскии все без выключки чины, самодержавныя власти подчиненныя опровергнути» [Диомид 2001: 222]. Как считал Арсений, феофановский Синод практически довел Церковь до запустения: «Монастырей и церквей Божиих довольно пустых… а наипаче монастыри и церкви в епархии патриаршей совсем бедны и разорены не только без патриарха, но и без архиерея обретаючися, и, вместо патриарха и архиерея, неизвестной власти, Коллегии Экономии, будучи подчинены» [Диомид 2001: 224]. Арсений утверждал, что единственный способ «освободить Церковь Божию от нападок и грабительств, Экономиею производимых» – вновь учредить патриарший престол либо поставить во главе Церкви митрополита [Диомид 2001: 225]. По мнению Арсения, Синод – «прямая дорога к сообщению нам с лютерами, кальвинами и со всякими верами, только бы когда которая над нами верх взяла» [Диомид 2001: 226].
«Доклад о благочинии церковном» Арсения был явно вдохновлен «Камнем веры» Стефана Яворского и его же критикой «Духовного регламента» Феофана Прокоповича. Книгу Стефана Арсений считал великим богословским достижением. Поэтому многочисленные критические замечания в адрес Стефана со стороны Феофана и других клириков он считал глубоко несправедливыми. В 1730-х годах Арсений написал «Возражение на пашквиль лютеранский», в котором защищал «Камень веры» от критиков [Попов 1995: 33–40][58].
В том же 1742 году Арсений отказался присягнуть на верность Елизавете, поскольку в тексте присяги Священный Синод именовался «крайним судьей» в вопросах веры. Он изменил формулировку присяги: «исповедую с клятвою Крайнего Судию и законоположителя духовного своего церковного правительства быти Самого Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, полномощную Главу Церкве и Великаго Архиерея и Царя, всеми владычествующаго и всем имущаго судити живым и мертвым» [Попов 1905: 15–16]. Позже, в Ростове, будучи митрополитом, он протестовал против практики заключения в монастыри «сумасбродов, воров, смертных убийц и колодников» [Диомид 2001: 50].
