В числе протестантских критиков стоицизма, Ральф Кедворт (1617–1688) включил его в число тех четырех типов атеизма, которым надлежало быть опровергнутыми в его «Истинной интеллектуальной системе Вселенной» (1678). Однако Кедворт проводил здесь различение, приписывая атеизм лишь поздним стоикам, таким как Боэт Сидонский или Сенека, и признавал, что ранние стоики, например Зенон и Клеанф, на самом деле были теистами, пусть и далекими от совершенства. В «Трактате о свободной воле» (изданном посмертно в 1838 году) Кедворт выступал против стоической идеи необходимости и их учения о циклическом повторении.
Протестантский богослов Джон Брэмхолл (1594–1663) также полагал стоицизм философией, вызывающей беспокойство. Особенно его волновало стоическое учение о судьбе. В знаменитом споре с Томасом Гоббсом (1588–1679) о свободе и необходимости Брэмхолл объявил того стоиком, и Гоббс этот ярлык не отверг, хотя и заявил, что не копировал стоиков, а просто самостоятельно пришел к тем же выводам. Так стоицизм оказался связан с одним из самых противоречивых философов XVII века. Затем его чуть было не связали с именем, по-видимому, самого неоднозначного философа столетия, Спинозы.
Философия Бенедикта Спинозы (1632–1677) оказалась в центре общественного внимания примерно в это же время. Его «Богословско-политический трактат» был издан анонимно в 1670 году, а «Этика» и другие работы были опубликованы уже посмертно в 1677 году. Философия Спинозы отождествляла Бога с Природой, утверждала строгий детерминизм, отвергала свободу воли и чудеса и предполагала, что силой одного только разума человеческие существа смогут укротить свои аффекты и обрести счастье. Переклички с античным стоицизмом здесь очевидны, и из всех последующих философов ближе всех подошел к стоицизму именно Спиноза, несмотря на его открытую критику утверждения стоиков о возможности победы над аффектами (в «Этике») и очевидное преклонение перед античным атомизмом (в переписке с Гуго Бокселем). Действительно, Готфрид Вильгельм Лейбниц (1646–1716) назвал Спинозу и Декарта членами «секты новоявленных стоиков», критикуя стоицизм за то, что тот есть скорее философия терпения, нежели счастья (см.: Leibniz 1989: 282; Лейбниц 1982: 103–104). Здесь, однако, особенно интересно то, каким образом появление «спинозизма» повлияло на восприятие стоической философии. Ряд современников, к примеру, Джамбатиста Вико (1668–1744), вскоре заметили сходство между спинозизмом и стоицизмом. Стоики считались спинозистами своего времени, а Спиноза – стоиком сегодняшнего дня. Но, что, возможно, более важно, спинозизм был быстро отвергнут как форма атеизма. Это случилось незадолго до того, как сам стоицизм был также объявлен формой протоспинозистского атеизма.
Одним из первых выразил беспокойство по поводу атеистических следствий стоицизма Якоб Томазий (1622–1684) в своем труде «Опыт о мировом пожаре у стоиков» («Exercitatio de Stoica Mundi Exustione», 1676). В этой работе Томазий, чьим студентом был Лейбниц, выступил против Липсия и неостоической попытки примирить стоицизм с христианством (см.: Bottin et al. 1993: 416–417). За ним последовал Иоганн Франц Будде (1667–1729), автор сочинений «Об ошибках стоиков» («De Erroribus Stoicorum», 1695) и «О спинозизме до Спинозы» («De Spinozismo ante Spinozam», 1701). Если Липсий и Дю Вэр не видели ничего дурного в христианском прочтении стоицизма и преклонении перед языческой этикой Сенеки или Эпиктета, ученые вроде Томазия и Будде попытались раскрыть фундаментальные принципы стоицизма как философской системы, опираясь прежде всего на доксографические описания ранней Стои, а не на сохранившиеся сочинения поздних стоиков. И то, что они обнаружили, было философией материализма и детерминизма, имевшей много общего со спинозизмом и являвшейся, с точки зрения правоверного христианина, явно атеистической. Чем или кем бы ни был Бог стоиков, он определенно не был Богом Святых Писаний. Несмотря на произведенные Липсием «усовершенствования», античный стоицизм оставался детерминистской философией, отрицающей и чудеса, и свободную волю и превращающей древних стоиков в спинозистов античности.
Будде повлиял на своего ученика, знаменитого немецкого историка философии Иоганна Якоба Бруккера (1696–1770), автора «Критической истории философии» (1742–1744). Бруккер ясно излагает этот новый методологический подход к изучению стоицизма и то, чем он отличается от того, что было у неостоиков: