Вскоре после того на Суворова была возложена организация переселения христиан из Крыма ввиду их необеспеченного положения и постоянной угрозы для жизни и имущества. Суворов испросил мнение на этот счет греческого митрополита. Тот отвечал, что даст свое благословение при условии выплаты переселенцам пособий и оказания войсками помощи при переезде. Представив Румянцеву подробный план переселения (Суворов требовал 6 тысяч повозок, постройки домов на месте поселения, снабжения переселенцев казенным продовольствием во время переезда и т. д.) и, получив одобрение, он в июле приступил к его исполнению.
Крымские христиане занимались в основном торговлей, садоводством, отчасти земледелием. Оказавшись перед угрозой лишения таких важных источников дохода казны, хан пришел в бешенство. Он грубо порвал отношения с Суворовым и русским посланником и выехал из столицы к верным ему войскам. Отсюда он начал подбивать мусульманское население к возмущению. Одновременно он потребовал у Суворова отсрочки начала переселения, чтобы получить письменное подтверждение из Петербурга о правомочности действий русского командующего. Встретив отказ, Шагин-Гирей написал Суворову оскорбительное письмо, на которое Александр Васильевич отвечал вежливым, но твердым отпором.
Во время переселения крымских христиан у Суворова, пожалуй, единственный раз в жизни возникли служебные трения с Румянцевым, который в своих донесениях в Петербург перекладывал ответственность за возникающие по ходу дела трудности на якобы неумелые распоряжения Александра Васильевича. Суворов, хотя и был подчинен Румянцеву, счел необходимым через его голову оправдать себя в личной переписке с Потемкиным. В письмах на имя потемкинского секретаря П.И. Турчанинова он жаловался, что Румянцев искажает истину; что он, Суворов, и его подчиненные работают не покладая рук, несмотря на то, что все больны горячкою; что трудности возникают по многим независящим от него причинам, из которых главная — отсутствие денег: нечем вознаграждать переселенцев и покупать благосклонность мурз: «Кади-Гирей ласкается; детина добрый, весельчак, никогда денег ни полушки; просил в долг 500 рублей; я обчелся, прислал 600, был очень рад… Деньги, деньги, деньги; сочтетесь после, убыток будет не велик; ой, голубчик, тяжко, денег нет; рад бы все мои деревни заложить — некому». Несколько дней спустя: «Худо с большими людьми вишни есть; бомбардирование началось (видимо, Румянцев сделал какое-то замечание. —
В конце лета Суворов, как когда-то в Польше, уже сам не рад, что связался с «дипломатией». В августе он сообщает о беззакониях, творимых таможенными чиновниками, пишет, что заплатил им 5 тысяч рублей, чтобы они «не щупали» переселенцев, что всяческие угрозы в его адрес множатся наподобие «лая пса». Его сентябрьское письмо Турчанинову уже напоминает крик о помощи: Суворов убеждает, что он в когтях у ханского мщения, что хан арестовывает переселенцев, а от «фельдмаршала [Румянцева] глотаю я что дальше, то больше купоросные пилюли… Я болен и жена 8-й месяц в постели; снова напала на нее жестокая горячешная лихорадка… на сих первых днях едет она к Полтаве… Дочь еще в горшей опасности. Если Бог даст благополучно, надо бы мне к жениным родинам [в ноябре] на крайний час приехать к ней». Как всегда, предвидя надвигающееся безделье, Суворов просится в отпуск: «Дела мне здесь скоро не будет…; вывихрите [вырвите] меня в иной климат, дайте работу; или будет скучно, или будет тошно… К половине января дайте работу… свеженькую».
Но как ни оправдывался Суворов, «купоросные пилюли» выписывались ему Румянцевым не всегда напрасно. Переселение действительно совершалось во многих отношениях насильственным образом, в том числе и для самих переселенцев. Еще круче Суворов поступал с татарскими властями. Так, он приставил к двум мурзам, которые особенно противились переселению, «крепкий караул с одною пушкою, — до тех пор, пока они успокоились». После таких «увещеваний» Румянцеву нелегко было говорить с турками о независимости Крыма!
Во второй половине сентября переселение было закончено. Из Крыма выехало больше 31 тысячи христиан. Румянцев с гордостью сообщил Екатерине II, что «вывод христиан может почесться завоеванием знатной провинции». Вдобавок к этому, несмотря на постоянные жалобы в нехватке денег, Суворов сэкономил 100 тысяч рублей из выделенных ему сумм. Нужды переселенцев он воспринимал близко к сердцу и не снимал с себя моральных обязательств перед ними. Уже полгода спустя он вновь напомнил Потемкину: «Воззрите на них милостивым оком… усладите их горькое воспоминание».