До судилища над эсерами 1922 года были процессы над Киевским, Ростовским, Донским комитетами меньшевиков. Их сажали в концлагерь с формулировкой «за контрреволюционную деятельность.»
В это время Ленин считал политически разумным не убивать Спиридонову. Во-первых, по причине шаткости советской власти на фоне кронштадтского мятежа и крестьянского восстания в Тамбовской губернии. Во-вторых, потому что больная туберкулезом, еще не пришедшая в себя после тифа 37-летняя Мария Спиридонова могла умереть вполне самостоятельно. В-третьих, она оставалась необыкновенно популярной, и эту популярность можно было при случае использовать. С другой стороны, уничтожить незаметно знаменитую революционерку, героиню, боровшуюся с царизмом, было трудно. Ее естественная смерть была бы гораздо предпочтительнее. Словом, что убить ее, что оставить на свободе — оказывалось одинаково проблемно для власти.
Ленин писал соратникам: «Меньшевиков и эсеров мы будем бережно держать в тюрьме».
Еле живую Марусю отпустили под обязательство, что она никогда более не будет заниматься политической деятельностью. Вместе с Измаилович она отправилась в подмосковную деревню. Обстановка, в которой им пришлось в течение двух лет жить в частном доме в Малаховке под контролем ВЧК, была более чем спартанской. Измаилович даже обратилась летом 1922 года в Красный Крест с просьбой перевести Спиридонову в Таганскую тюрьму на казенное содержание. Однопартийны организовали широкую международную кампанию в защиту своего лидера. Ленин получил письмо от Клары Цеткин с просьбой отпустить больную женщину для лечения за границу. Она писала: «М. Спиридонова вследствие тифа полностью сломлена физически и духовно и поэтому политически недееспособна и неопасна. Мое сердце тоже говорит в защиту ее как несгибаемого борца против царизма… Разные иностранные делегаты просили меня замолвить слово за Марию Спиридонову. Я надеюсь, что ваше решение по Спиридоновой будет таким же милосердным, как и политически разумным. Остаюсь верной убеждениям, крепко жму руку Вам и товарищу Крупской. Клара Цеткин». Однако ей снова ответили, что Спиридонова «представляет опасность для Советской власти».
Действительно, по данным ГПУ, обе непримиримые революционерки продолжали руководить нелегальной частью партии эсеров. Но их ряды редели. В 1923 году Борис Камков был сослан в Челябинск, затем в Тверь, Воронеж: отсидел 2 года в тюрьме по делу мифической «Трудовой крестьянской партии». За ним, как декабристка, последовала его жена и впоследствии разделила его участь. Из всех лидеров левых эсеров во время репрессий 1920-1930-х годов спастись удалось лишь наркому юстиции в первом послеоктябрьском правительстве Исааку Штейнбергу, уехавшему за границу. Остальные многократно арестовывались, долгие годы находились в ссылке, а во время «Большого террора» были расстреляны.
Внесудебные полномочия, позволяющие чекистам применять тюремное заключение, были даны им в 1922 году, когда ВЧК уже была переименована в ГПУ (Государственное политическое управление при НКВД РСФСР). И в декабре 1924 года подруг-революционерок снова встретила Бутырка.
Эсеровское подполье просуществовало до 1927 года, хотя Центральное организационное бюро, работавшее в подполье, было арестовано в 1925 году.
В это время в Европе была предпринята масштабная кампания, инициированная левыми эсерами, за освобождение знаменитых революционерок. В Париже был создан специальный Комитет Спиридоновой-Каховской, В следственном деле Каховской подшиты письма от немецких рабочих, направленные в советское полпредство в Берлине. Судя по всему, эта кампания была начата Всеобщим рабочим союзом в августе 1925 года. Заявления с требованием освобождения Спиридоновой и Каховской посылались местными организациями этого союза в Саксонии и заводскими организациями из Дрездена и Бреслау. В издательстве немецких анархо-синдикалистов «Югенд Дойчландс» была выпущена серия почтовых открыток под названием «Жертвы большевизма» с фотографиями Спиридоновой, Каховской и Измайлович на трех языках — немецком, английском и французском, которые распространялись на митингах. Однако все оказалось впустую, за исключением пересылки в СССР через жену Максима Горького, Екатерину Пешкову, вырученных средств для оказания бедствующим женщинам материальной помощи.
На митинге 1924 года в Берлине известная анархистка Эмма Гольдман («Красная Эмма») назвала Спиридонову «одной из самых мужественных и благородных женщин, которых знало революционное движение». В Германии были выпущены открытки с ее фотографией. А в Париже даже появился комитет, поставивший себе целью добиться переезда Спиридоновой во Францию.
