Имеются очень скудные сведения, скорее, — упоминания, о том, что вдохновленная международным сочувствием Спиридонова попыталась бежать за границу. В этом факте ее биографии много неясного. Известно, что в ВЧК поступил донос о подготовке побега, и 11 января 1922 года у нее в Малаховке был произведен обыск. В качестве предупредительной меры арестовали ее поручителя И.З. Штейнберга. Якобы именно за эту попытку она была приговорена к трем годам ссылки, которую вместе с Измайлович и Майоровым отбывала до февраля 1925 года в калужском совхозе-колонии.
Уже в первые годы советской власти большевики начали эксперименты по созданию принципиально новых, неизвестных буржуазному государству, типов пенитенциарных заведений. В системе мест заключения были созданы переходные исправительные дома, трудовые сельскохозяйственные колонии и реформатории, как учреждения воспитательно-карательные. Туда могли быть направлены лица, приговоренные на срок не свыше одного года и не принадлежащие к категории профессиональных преступников и злостных рецидивистов. Все заключенные в трудовых колониях должны были трудиться, но в течение дня пользовались относительной свободой передвижения, их могли посылать без надзора по различным поручениям за пределы колонии, свидания предоставлялись непосредственно.
Об этом периоде жизни Марии Спиридоновой известно очень мало, но какой-то случай произвола вынудил ссыльных с 9 по 21 января 1925 года объявить голодовку. После этого женщинам определили местом ссылки Самарканд, а Майоров был сослан в Пржевальск.
В Самарканде к Марусе и Сане присоединилась также сосланная Ирина Каховская.
Самарканд в то время разделялся на местную и европейскую (русскую) части. Европейская часть — «Новый Самарканд» — был отделен от старой, азиатской, самым большим и красивым из всех 25 улиц города бульваром имени Абамова. «Бульвар протяженностью в 490 сажен и шириной в 60 сажен», имел 3 аллеи, обсаженные кленами, тополями, карагачами, акациями и айлантами, и пересекался двумя проездами. По обеим сторонам улиц в два ряда росли разные породы деревьев, а между ними бежали арыки. Из них весной и летом по два раза в день поливальщики специальными лопатами с загнутыми краями поливали улицы, чтобы прибить среднеазиатскую пыль и смягчить южный зной. За чистотой улиц тщательно следили: два раза в год чистили арыки и придорожные канавы, два раза в неделю все улицы обязательно подметали. Не соблюдающих чистоту домовладельцев штрафовали. Питьевую воду доставляли в бочках из Филатовских ключей, так как колодцев было мало. Улицы Самарканда в ночное время освещали 350 керосиновых фонарей. Первая электрическая лампочка в Самарканде зажглась еще в 1893 году, когда на реке Сиаб было построено водяное железное колесо, которое приводило в действие динамо-машину. В начале 1890-х годов в русской части города начали прокладывать тротуары из кирпичного щебня с песком, но работа шла медленно и была завершена только к 1899 году. В городе были построены здания европейского вида для банков, аптек и других организаций. В 1920–1930 годы новый город был существенно расширен с северной и западной стороны, и в расширенных местах возникли новые районы уже только с советской архитектурой.
Маруся работала в одном из сельскохозяйственных учреждений, трудясь по 13–14 часов в сутки за скромный оклад, прибавлявшийся к пособию от ОГПУ (6 руб. 25 коп.), выдаваемому политическим ссыльным. В ней проснулась страсть к писательскому труду и обнаружились незаурядные способности. В относительно демократичные 20-е годы она написала книгу о Нерчинской каторге, которая была напечатана в журнале «Каторга и ссылка» и вышла отдельным изданием. Александра Измайлович тоже опубликовала свои воспоминания в этом историко-революционном вестнике, издаваемом в Москве с 1921 по 1935 годы.