В середине 1946 года Сталин собрал заседание Высшего военного совета, на котором генерал-полковник С.М. Штеменко зачитал показания находившихся в тюрьме Главного маршала авиации А.А. Новикова и бывшего адъютанта Жукова подполковника Семичкина. Суть «обвинения» сводилась к тому, что маршал Жуков якобы вел разговоры, направленные против личности «неприкосновенного» Сталина, сколачивал вокруг себя группу недовольных офицеров и генералов-фронтовиков. «Дело», вне всяких сомнений, было сфабриковано по сталинской указке аппаратом Берия.
На заседании Высшего военного совета с резким осуждением Жукова, кроме Сталина, Молотова, Берии, выступил и Булганин. На том «историческом» заседании Георгия Константиновича Жукова обвиняли в том, что он-де зазнался, не считается не только с мнением Политбюро, но и с авторитетом лично Сталина. Как вспоминал впоследствии Маршал Советского Союза И.С. Конев, сразу после заседания Высшего военного совета Сталин намеревался арестовать товарища Жукова. Он не сделал этого лишь потому, что за Жукова заступились К.К. Рокоссовский, А.М. Василевский, В.Д. Соколовский, П.С. Рыбалко — большинство присутствовавших военных.
Если в 30-е годы Булганин предпочитал оставаться сторонним наблюдателем проводившихся репрессий, то после 45-го его позиция в отношении неугодных Сталину и Берии лиц изменилась и не в лучшую сторону. Он стал участвовать в подобных «жуковской» разборках самым деятельным образом. На «счету» маршала Булганина памятный для советских военных моряков «суд чести» над адмиралом флота Н.Г. Кузнецовым, адмиралами Л.М. Галлером. В.А. Алафузовым и вице-адмиралом Г.А. Степановым. Это громкое «дело» началось с рядового доноса, вышедшего из стен одного из НИИ Военно-Морского Флота. Обвинения были «шиты», что говорится, «белыми нитками». Булганин, как писал в своих мемуарах Н.Г. Кузнецов, сделал все возможное, чтобы «раздуть кадило». В условиях сталинского времени сделать такое не представляло особого труда. Решали дело не факты и правосудие, а личные мнения. По указанию Булганина и состоялся «суд чести» над теми, кто подготовил к войне советский военно-морской флот и достойно провел его сквозь тяжкие годы испытаний. Это был не «суд чести», а настоящее судилище над честными флотскими командирами. После него состоялся еще и суд Военной коллегии. Адмиралы Галлер, Алафузов и Степанов были приговорены к различным срокам тюремного заключения. С Кузнецовым, правда, обошлись не столь круто. Его освободили от должности народного комиссара ВМФ и понизили в воинском звании до контр-адмирала. Оставаясь заместителем Председателя Совета Министров СССР, в марте 1947 года Маршал Советского Союза Н.А. Булганин назначается министром Вооруженных Сил СССР.
Отдавая дань справедливости, следует сказать, что Булганин немало сделал для перевода армии и флота на рельсы мирного времени. Это была трудная государственная задача.
Численность Вооруженных Сил СССР к маю 1945 года составляла 11 миллионов 365 тысяч человек. Содержать такую огромную армию в мирное время государство просто не могло, да и не было такой надобности. Сокращение армии и флота дало народному хозяйству миллионы рабочих рук. К 1948 году было демобилизовано около 8,5 миллиона человек военнослужащих. Вместе с тем были приняты меры для того, чтобы сохранить в армейских и флотских рядах лучшие кадры, прошедшие войну и способные решать задачи в новых условиях. Это касалось прежде всего офицеров, которые имели высшее военное, военно-техническое и военно-политическое образование. По всем родам войск было уволено лишь 2,5 процента офицеров. Проведенное под непосредственным руководством Маршала Советского Союза Н.А. Булганина сокращение армии и флота позволило сохранить боеспособность Советских Вооруженных Сил. В этом его неоспоримая заслуга.
В 1949 году Булганин оставляет один из своих постов — министра Вооруженных Сил — маршалу А.М. Василевскому и возвращается на «гражданку». Однако, занимая пост первого заместителя Председателя Совета Министров СССР, Булганин решал и военные вопросы. Есть свидетельства о том, что делал он это с известной долей бюрократизма. Адмирал флота Советского Союза Н.Г. Кузнецов вспоминал: «Над флотом шефствовал Булганин. Флотские вопросы тот не любил. С моряками нетрудно было нарваться на неприятности. Поэтому все крупное и принципиальное откладывалось «до лучших времен». Даже такие вопросы, как о крупных недостатках на флоте, поставленные мною, ради формальности рассматривались, потом загонялись в такой угол, откуда решений ждать было невозможно».
