Тем временем в недрах министерств зрел проект, вылившийся в две записки министра коммерции Николая Петровича Румянцева императору (от 20 февраля 1803 г) "О торге с Япониею" и "О торге в Кантоне"., которые были внесены в Комитет министров и "с высочайшего утверждения Комитетом апробованы". Министр коммерции подчеркивал, что, несмотря на все усилия в Кантоне, РАК сложно конкурировать с США и Англией на китайском рынке. "Англичане и американцы, доставляя из Нотки-Зунд и Шарлотиных островов рухлядь свою прямо в Кантон, всегда будут в торге сем преимуществовать, и дотоле продолжаться сие будет, пока россияне сами в Кантон пути не проложат". Значительные выгоды Румянцев предвидел от открытия торга с Японией "не только для американских селений, но и для всего северного края Сибири" и предлагал использовать кругосветную экспедицию для отправки "к японскому двору посольства" во главе с человеком "со способностями и знанием политических и торговых дел". По всей видимости, уже в это время министр коммерции имел в виду Резанова, поскольку в записке предусматривалось, что "чиновник сей по окончании японской свой миссии должен обозреть владения в Америке … образ управления ими - словом, образовать край сей и, таковым благоустройством осчастливя сих отдаленных Вашего и. в-ва подданных, поселить в них вящую к России приверженность".
И хотя официально рескрипт о назначении руководителем посольства в Японию Николая Петровича Резанова датируется 10 июня 1803 г., фактически вопрос был решен гораздо раньше. Во всяком случае, уже 3 апреля, в письме известному поэту, ставшему впоследствии министром юстиции, Дмитриеву Резанов сообщил, что император постепенно уговорил его принять на себя посольство в Японию. "Теперь готовлюсь к походу. Барк компанейский, однако казенным коштом отдается в мое начальство. Он снабжен приличным экипажем, в миссию со мною назначаются гвардии офицеры, а вообще для путешествия учинена экспедиция. Путь мой из Кронштадта в Портсмут, оттуда в Тенериф, потом в Бразилию и, обойдя кап Горн, в Вальпарезо, оттуда в Сандвичевы острова, наконец, в Японию. Оттуда пойду в Уналашку, в Кадьяк, в Принц-Виллиам-Зунд и спущусь к Ноотке, от которой возвращусь в Кадьяк и, нагрузясь товарами, пойду в Кантон, в Филлипинские острова… Возвращаться буду кругом мыса Доброй Надежды".
Для Николая Петровича это было тяжёлое время. 23 октября 1802 года он потерял горячо любимую жену. "Восемь лет супружества нашего дали мне вкусить все счастие жизни сей как бы для того, чтобы потерею отравить наконец остаток дней моих". Анна Григорьевна скончалась после вторых родов. Это до того поразило супруга её, что он пришёл в совершенное отчаяние. Дошло до того, что родные стали опасаться за его рассудок. Через полгода после смерти жены он написал Дмитрееву: "Любезный друг мой Иван Иванович! Вы, несомненно, уже известны, сколь много отягощена судьба моя. Так, почтенный друг мой, я лишился всего. Кончина жены моей, составлявшей все счастье, все блаженство дней моих, сделала для меня всю жизнь мою безотрадною. Примите, любезный друг, от меня то истинное почтение, которое всегда она к вам сохраняла… Я и теперь, мой милый друг, пролил слезы и едва могу писать к вам. Шесть месяцев протекли уже для меня в сей горести, и я конца лучше не вижу, как вообще нам определенного".
После кончины жены Резанов думал взять отставку и занятся воспитанием детей, но встретил препятствие. "Государь вошел милостиво в положение мое, сперва советовал мне рассеяться, наконец предложил мне путешествие; потом, доведя меня постепенно к согласию, объявил мне волю, чтоб принял я на себя посольство в Японию. Долго отказывался я от сего трудного подвига; милостивые его при всякой встрече со мной разговоры, наконец, призыв меня к себе в кабинет и настоятельные убеждения его решили меня повиноваться. Я признался ему, что жизнь для меня хотя тягостна, но нужна еще для детей моих: многие обещал мне милости, но я просил не унижать подвига моего награждениями… Он дал слово покровительствовать сирот моих, а я подтвердил ему, что каждый час готов ему жертвовать жизнью".
Так как посольство должно было задержать экспедицию, правительство приняло корабль на свое полное содержание, предоставив право Российско-Американской компании нагрузить его своими товарами. Компания получила правительственный заем в 250 тысяч рублей, все товары ей отпускались по государственным ценам. За счет казны экспедицию укомплектовали кроме экипажа также научным и медицинским персоналом. Параллельно готовилось еще одно посольство, в Китай, возглавляемое графом Головкиным.
"29 майа, согласно с соизволением императора, начальство над предназначенным в посольскую кругосветку барком "Москва" капитан-лейтенанту Яну Федоровичу Круценштерну."
