В своих исторических трудах он руководствовался принципами исторической критики Шлёцера. Он также был сторонником норманнской теории происхождения Руси. Историк был убежден, что славянам норманны «дали все политическое устройство». Погодин открыл и ввёл в научный оборот ряд важных исторических источников, в том числе Псковскую летопись, 5‐й том «Истории Российской» В.Н. Татищева, «Казацкую летопись» Самуила Величко, «Книгу о скудости и богатстве» И.Т. Посошкова (1652–1726). Он признавал провиденциальные закономерности исторического развития, определяемые божественной волей. Вместе с тем Погодин считал, что «соединение, или лучше тожество законов необходимости с законами свободы – такое же таинство, как соединение мысли со словом, как соединение души с телом… нельзя определить, где оканчивается миг прошедший и начинается будущий, где оканчивается необходимость и начинается свобода». Он впервые поставил вопрос об источниках Повести временных лет. Историк уделял большое внимание причинам возвышения Москвы. Погодин доказывал постепенность процесса закрепощения русского крестьянства. Он сформулировал три основных отличия России от Запада: 1. Для славян государь, князь – это гость и защитник, в то время как на Западе – враг. 2. Вассалы – промежуточный слой между государем и народом, находящийся у трона, тогда как на Западе «вассал моего вассала – не мой вассал». 3. В России общинная земля находилась у народа, но под властью князя и его вассалов; на Западе земельные угодья принадлежали только вассалу. Как считал Погодин, огромная территория Руси не позволяла завоевателям осесть на ней и завоевать полностью. Историк положительно оценивал царствование Бориса Годунова и Петра Великого, полагая, что петровские преобразования позволили стране уйти от социального взрыва. В письме министру просвещения С.С. Уварову Погодин высказал глубокую мысль о роли национальности в истории: «Национальности никакой уничтожить нельзя, напротив, сила сия увеличивается по мере покушений против оной, и они, кроме вреда, ничего принести не могут». В лекции «Взгляд на русскую историю» в сентябре 1832 года Погодин так определил суть истории: «История всякого государства, отдельно взятая, представляет собою высокое, поучительное зрелище народных действий, устремленных к одной цели человеческого рода, цели, указанной ему благим Провидением. Всякий народ развивает своею жизнию особую мысль Его и содействует, более или менее, непосредственно или посредственно, к исполнению общих верховных его предначертаний. Но чем обширнее круг действий народа, чем сильнейшее влияние имеет он на другие народы и все человечество, чем более от него зависит судьба современников и потомства, чем необходимейшее звено составляет он в великой цепи; тем большую цену получает он в глазах историка». По мнению литературоведа князя Д.П. Святополк-Мирского, Погодин был «один из самых любопытных и сложных характеров современной русской истории, соединяющий в себе самые противоречивые черты: патологическую скупость и бескорыстную любовь к Древней Руси; высокую культуру и склад ума провинциального купца; природную трусость и способность к гражданскому мужеству. Всем знавшим его он внушал более или менее сильное отвращение; и всё-таки была в нем значительность и внутренняя сила». Главные исторические сочинения Погодина: «Начертание русской истории: для гимназий» (1837); «Древние русские княжества с 1054 по 1240 год» (1848) в 4 томах и «Древняя русская история до монгольского ига» (1871) в 4 томах.
