В апреле 1906 года историк был избран членом Государственного совета от Академии наук и университетов, но скоро вышел из его состава, поскольку не находил участие в нем «достаточно независимым для свободного… обсуждения возникающих вопросов государственной жизни». Ключевский говорил: «Я человек 19‐го века и в ваш 20‐й век попал совершенно случайно, по ошибке судьбы, позабывшей убрать меня вовремя». В 1893–1906 годах он был председателем Общества истории и древностей российских. Он был заслуженным профессором Московского университета (1897) и почётным членом Московского университета (1911).
Василий Осипович Ключевский умер 12 (25) мая 1911 года в Москве после неудачной операции по извлечению камней из мочевого пузыря.
