С тех пор библиотеку искали в Кремле и вокруг него, но все чаще говорилось о том, что никакой греческой библиотеки не существовало вовсе. Для чего было везти греческие книги в Москву из Константинополя, если перед замужеством София находилась с родителями в Риме, а оставшееся имущество принадлежало султану Мехмеду или ее дяде Дмитрию. Состояние Палеологов было плачевно, и вряд ли они могли что-то вывезти из родного города. Однако в существование библиотеки продолжали верить.
Одной из версий исчезновения библиотеки было намеренное припрятывание еретических книг догматиками церкви. Столкновения новгородско-московских реформаторов и действующих консерваторов Русской церкви не были редкостью, и последние стремились себя обезопасить.
Второй версией стала паранойя Ивана Грозного, вынуждавшая его прятать ценные вещи от возможных воров. Впоследствии библиотека Софии Палеолог пополнялась приобретениями ее внука, который был не только маниакальным злодеем, но и большим любителем книг и всяких интеллектуальных диковин. Впоследствии книги стали одной из его маний. В 1554 году он купил часть библиотеки Ярослава Мудрого, потом пополнял свои запасы книжными сокровищами датского короля и немецких завоеваний, покупал и выпрашивал книги у послов и дипломатов. После взятия Казани в его библиотеку попали арабские книги, и не только книги: утверждали, что там были невероятные механические изобретения – люди, звери и потусторонние существа, умевшие двигаться. Царь не жалел денег и трясся над своими приобретениями, что позволяет утверждать: библиотеку бабушки он должен был сохранить. Исследователи считали, что именно развившаяся у царя мания преследования могла заставить его прятать ценные книги в самых таинственных местах. Боязнь переворота, ожидание бунта заставляли его уезжать из Москвы, в основном – в Александровскую слободу, где он любил запираться со своими опричниками. При этом он вывозил много вещей в сундуках, где могли быть и книги.
Многие считали, что библиотека Софии Палеолог еще во времена ее внука покинула пределы Москвы. Наиболее вероятным местом называлась Александровская слобода, но были и другие места. Так сформировалась «география» поиска из четырех точек: подземелья Кремля, Александровская слобода, имение Коломенское и Троице-Сергиева лавра. Уже в недавние времена по Александровской слободе бродили специалисты из Института георадарного магнетизма и радарами исследовали дорожки в поисках подземных ходов.
Но самые интересные каменные склепы и подземелья были расположены под Успенским и Благовещенским монастырями в Москве. Их строили еще итальянцы, приглашенные княгиней Софией.
Искать библиотеку начали после смерти Ивана Грозного. В 1565 году пастор И. Веттерман утверждал, что царь показывал ему книги и просил их перевести на русский язык. Потом по заданию великой княжны Софьи Романовой, дочери Алексея Михайловича, подземелья Кремля обследовал дьяк Макарьев. В одной из келий кремлевской стены, неподалеку от Тайницкой башни, ему удалось разглядеть много сундуков, но с него взяли обет молчания, и о своей находке он поведал на исповеди лишь перед смертью. Его исповедник, звонарь Конон Осипов, под впечатлением от услышанного сам стал исследователем и в 1718 году получил разрешение главы Преображенского приказа князя Ромодановского на поиски под Тайницкой башней. Это был удачный для Осипова момент, поскольку в то время шла подготовка к закладке фундамента Арсенала и были прорыты рвы. Звонарь спустился в открывшееся подземелье и обнаружил перекрытия тайника, но дальше допущен не был. Тогда ему помешали подьячие царского приказа. В 1724 году Петр I получил от одержимого звонаря зловещее письмо, в котором в стилистике мистико-приключенческих романов говорилось следующее: «Есть под Кремлем-городом тайник, и в том тайнике есть две палаты, полны наставлены сундуками до стропу. А те палаты за великою укрепою: двери железные, замки вислые, превеликие, печати на проволоке свинцовые, а у тех палат по одному окошку, а в них решетки без затворов. А ныне тот тайник завален землею, но видны своды, и те своды проломаны людьми лихими, и, проломавши, они насыпали землю накрепко».
Такому письму не умилился бы только совсем уж нелюбопытный человек. Чем-чем, а отсутствием любопытства император Петр не страдал.
Но и в тот раз, получив разрешение, ничего не нашел упрямый звонарь. То место, где он видел тайник, оказалось добротно заложено кирпичной стеной, и оставалось ему только гадать: откуда эта стена вдруг взялась? И этого мало – тут еще и Петр I скончался, и его разрешение на поисковые работы в Угловой Арсенальной башне утратило силу.
