По официальной версии, 27 июня 1953 года на совместном заседании Президиумов ЦК КПСС, Верховного Совета СССР и Совета Министров в Кремле Маленков с трибуны обвинил опешившего Берию в попытке захвата власти и «антипартийной деятельности». Жуков, Москаленко и несколько других высокопоставленных генералов якобы наставили на него пистолеты и под дулами вывели маршала из зала заседаний, увезя в военную спецтюрьму. В Москву тем временем вошли танки.
Седьмого июля в «Правде» появилась статья о завершившемся пленуме ЦК КПСС, где Лаврентия Павловича Берию обвинили во всех тяжких – примерно так, как это делалось в тридцать седьмом.
«…Используя своё служебное положение, сколотил враждебную Советскому государству изменническую группу заговорщиков… для захвата власти и ликвидации советского рабоче-крестьянского строя в целях реставрации капитализма и восстановления господства буржуазии
Обвинялся руководитель советской разведки и Атомного проекта также в «измене Родине» и «работе на английскую разведку».
По официальной версии, Берию казнили после закрытого суда вместе с шестью высокими чинами МГБ и МВД 23 декабря. По другим данным, Лаврентия Павловича без суда по-тихому пристрелили уже в день ареста. Ходили по Москве слухи и о перестрелке у дома Берии.
В своей книге, вышедшей уже в 1990‐х, сын Лаврентия Павловича Серго Берия так описывает те события:
«Примерно в полдень 23 июня, я находился в кабинете генерал-полковника Бориса Львовича Ванникова… ближайшего помощника моего отца по атомным делам. С отцом и я, и Ванников должны были встретиться в четыре часа и доложить ему о подготовке к проведению взрыва первой водородной бомбы. Не встретились.
Часов в двенадцать ко мне подходит сотрудник из секретариата Ванникова и приглашает к телефону. Звонил летчик-испытатель, дважды Герой Советского Союза Ахмет Хан, испытывавший самолеты с моим оборудованием. (…) «Серго, – кричал он в трубку, – тебе одну страшную весть сообщу, но держись! Ваш дом окружен войсками, – у вас дома была перестрелка. Ты все понял? А твой отец, по всей вероятности, убит. Тебе надо бежать, Серго! Мы поможем. Я уже выслал машину к кремлевским воротам, садись в нее и поезжай на аэродром. Я готов переправить тебя куда-нибудь, пока ещё не поздно».
Далее Серго Лаврентьевич описывает, что увидел у дома бронетранспортеры, разбитые окна отцовского кабинета, выбоины от крупнокалиберного пулемета. И услышал от охранника, что из дома выносили кого-то на носилках, накрытых брезентом.
«В кабинете Ванникова нас ждал Курчатов. Оба начали звонить Хрущёву. Догадывались, видимо, кто за всем этим может стоять. При том разговоре присутствовало человек шесть. Ванников сказал, что у него в кабинете находится сын Лаврентия Павловича, и они с Курчатовым очень надеются, что ничего дурного с ним не случится. Хрущёв тут же их успокоил. Пусть, мол, Серго едет к родным на дачу и не волнуется…» [34. С. 254].
Сын Берии повествует также, что на встрече в конце 1950‐х в Свердловске, которую организовал Георгий Жуков, тот поклялся ему, что не принимал участия в аресте и убийстве его отца.
Так это было или нет – судить сложно. Хотя зачем столько лет спустя врать Серго Берии – человеку достойному во всех отношениях, орденоносцу, доктору наук, одному из двух главных конструкторов (вместе с П.Н. Куксенко) блестящей системы ПВО «Беркут», создавшей непробиваемый «купол» над Москвой?
Если абсолютное большинство советских людей абсурдные обвинения и высшая мера наказания ближайшему сподвижнику покойного Вождя никак не взволновали, породив лишь известную частушку «Лаврентий Палыч Берия вышел из доверия…», то для руководителей Атомного проекта из Спецкомитета и ПГУ это стало шоком, едва ли не большим, чем смерть Сталина. Дикость обвинений понимали все. Как и собственное «подвисшее» положение в качестве «соратников Берии».
На пленуме ЦК, кроме «прозревших» вдруг высших сановников государства, с «разоблачением» бывшего наркома и командира Атомного проекта выступили люди, непосредственно работавшие под началом Лаврентия Павловича. Например, сменивший его на посту «атомного командующего» член ЦК КПСС В.А. Малышев. Называя Берию «врагом народа», Вячеслав Александрович в своем выступлении, сам, видимо, того не понимая, оставил потомкам свидетельства об эффективности руководства этого суперуправленца, для которого главным было Дело, а не партийный «политес», соблюдение которого тормозило бы все работы.