Королева не стала более счастливой, когда чуть позже открыла свои планы женитьбы Елизавете. Дочь без обиняков сказала ей, что Филипп II не намерен женить дона Карлоса, а если Генрих женится на донне Жуане, то в приданое не получит никакого королевства. Герцог Альба еще резче заявил, что ее дочь приехала в Байонну с единственной целью узнать намерения королевы относительно еретиков. Отношения Екатерины и советника Филиппа II становились все более натянутыми. Альба со своей стороны полагал, что из разногласия двух корон выгоду получат одни реформаты. 30 июня Карл IX возглавил Общий Совет, в который вошли обе королевы, герцог Альба, дон Жуан Манрик де Лара, бывший посол Иcпании во Франции, Монсеньор, герцог де Монпансье, кардиналы де Гиз и Бурбон, коннетабль и маршал де Бурдийон. Монморанси старался оправдать политику королевы и не показывать опасность новой гражданской войны. Екатерина обещала но окончании «начатого» ею путешествия «найти лекарство» для решения вопросов религии. «Моя жена королева удовлетворилась этим, поскольку ясно, что когда захотят дать лекарство, дело уже будет сделано». Так выражал свои мысли Филипп II в письме испанскому послу в Риме. По его мнению не было другого лекарства, кроме тех инструкций, которые он дал герцогу Альба. Но была ли Екатерина искренна на Совете, обещая стабилизировать религиозную ситуацию в стране? Дон Франчес не скрывал своего скептицизма в письме испанскому государственному секретарю Эразо: «Я опасаюсь нерешительности, которую несколько раз замечал в ней, и тяжелой тревоги, которую, как я предвижу, вызовут еретики и многие другие, таковыми не зовущиеся, но таковыми являющиеся…». Кардинал де Гранвель, старый правитель Нидерландов, будучи в курсе дел Франции, шел еще дальше и говорил, что если королева и наобещала столько, то с оговоркой, что «она будет избегать всего, что могло бы привести к насилию».
Гугеноты больше всех волновались по поводу исхода переговоров в Байонне, не без основания полагая, что речь идет об их судьбе. После Варфоломеевской ночи они решили, что резня была задумана и обговорена в Байонне королевой и герцогом Альба. Вне всякого сомнения, в Байонне выдвигались кровавые предложения. Однако подлинными можно считать проекты только некоторых католиков. Гак, исповедник герцога де Монпансье говорил герцогу Альба: «Самым быстрым способом было бы отрубить головы де Конде, адмиралу, д'Андело, Ларошфуко». Кроме того, ничто не указывает на то, одобрила ли Екатерина проект уничтожения или просто согласилась на ужесточение режима. Но можно сделать вывод, что если бы Филипп II поддержал ее планы женитьбы, она проявила бы наиболее возможную суровость.
В Байонне все расстались в мире и согласии. Герцог Альба даже сказал Сен-Сюльпису: «Герцог Орлеанский один из самых развитых принцев своего возраста». После длительного и бесполезного пребывания в Байонне оставалось только покинуть город. Королеву Елизавету провожал сам Карл IX и все испанцы. Король, которому было всего 15 лет и 1 месяц, растрогался до слез, целуя свою сестру перед расставанием. Генрих получил небольшое преимущество — возможность сопровождать ее до Сегура, что в 15 лье от французской границы. Вслед за старшим братом Франциском II, Елизавета навсегда исчезала из его жизни. Радость встречи сменилась горечью расставания. Генрих присоединился к Карлу IX в Сен-Жан-де-Люз, куда двор прибыл 2 июля. Начался новый этап «большого путешествия», как называла его Маргарита Валуа в своих «Мемуарах». Этап этот приведет Екатерину, Карла IX и его свиту в столицу герцогства Бурбонского, город Мадлен.
