Между тем наслаждениями Коньяка не следовало слишком увлекаться. 1 сентября по дороге, идущей через Сентонж, королевский поезд выехал в Ля-Рошель. В этой стране засилья гугенотов присутствие короля на некоторое время вернуло храбрость католическому меньшинству. 6 сентября в церкви Маренны, великолепный шпиль которой указывает путь морякам, 900 католиков в присутствии короля отпраздновали Пасху. Приведенные для крещения дети были такими большими, что могли сами молить священника о святом таинстве. Мальчики получили имя Карла, девочки Шарлотты. Затем король вошел в Ля-Рошель. С 1558 года город официально принял Реформацию, и ее сторонников было там большинство. Правитель города де Жарнак, бывший католиком чисто официально, разрешил богослужения обоих вероисповеданий. Договорившись о часе служб, кюре и министры по очереди сменяли друг друга. Однако реформаты очень быстро стали теснить католиков и захотели лишить их возможности богослужений. В конце концов они добились своего. Католические службы возобновились только в 1628 году по приказу Луи XIII. Ля-Рошель придавал большое значение своим общественным свободам и стойко защищал их. Так во время визита Карла IX сложился обычай натягивать поперек ворот шелковую ленту. Стоя за этим символическим препятствием, мэр города передал королю Евангелие, на котором Карл IX поклялся уважать привилегии города. Но когда 14 сентября король подъехал к воротам Куня, они оказались тоже перекрыты шелковой лентой. Коннетабль де Монморанси шпагой уничтожил препятствие и сурово спросил магистратов, не желают ли они запретить своему королю войти в город. И король вошел в него не спешившись. Однако и мэр, тоже сидя верхом, попросил его подтвердить соблюдение обычаев. Король ответил просто: «Будьте верными и лояльными слугами, и я буду вам хорошим королем». Перед отъездом из Ля-Рошеля он приказал соблюдать мирный эдикт и обязал городские власти следить за свободным исповеданием католической веры. Один слишком фанатичный министр и несколько буржуа должны были отправиться в ссылку, а с ними противодействующий католикам генерал-лейтенант. Отдав эти приказы, Карл IX без всяких церемоний покинул город. С тех пор до Луи XIII ни один монарх не посещал эту морскую крепость Реформации, которую в 1573 году безуспешно пытался захватить герцог Анжуйский, будучи тогда кандидатом на польский трон.
Менее мрачной оказалась атмосфера в Ниоре, куда двор прибыл 19 сентября. Туда же приехал овдовевший после смерти Леоноры де Руа Луи де Конде и сообщил Екатерине о своем намерении вступить в брак с Франсуазой Орлеанской, дочерью герцога де Лонгевиля. Несмотря на то, что они оба были сторонниками Реформации, Екатерина пожелала, чтобы бракосочетание прошло при дворе. Она даже разрешила чтение протестантских молитв в одном из залов королевской резиденции, правда, при закрытых дверях и только для верующих в Чистое Евангелие. В честь Луи де Конде следовали лишь минимуму Орлеанского эдикта, хотя эдикт вышел только благодаря ему.
Вскоре через Пуату двор направился на север, задержался в Туаре, в замке господина де Ля Тремоиля, супруга одной из дочерей коннетабля. Затем через Луден путешественники прибыли в Шампиньи-сюр-Вед, в замок правителя Гурени и Анжу, Луи де Бурбона, герцога де Монпансье. Выходец из семьи Монморанси, страшно гордый своим происхождением по прямой линии от «великого короля Сен Луи», Монпансье яростно защищал «истинную веру», отдавая еретиков палачу, а их жен своим солдатам. Дон Франчес очень уважал его, поскольку среди принцев крови было трудно найти большего католика, чем он. Его брат Шарль де Бурбон, принц де Ля Рош-сюр-Ион, тоже хотел принять своего бывшего ученика 8 октября в небольшом замке Бопрео. Но «верный старик» был настолько болен, что король решил отказаться от угощения принца, умершего 9 октября.
