Российские войска под общим командованием генерал-адъютанта Н. И. Евдокимова, продвигаясь с двух сторон в горы, последовательно привели к покорности племена натухайцев, шапсугов, абадзехов, а затем и убыхов, проживавших в самых малодоступных местах Северо-Западного Кавказа. Предполагалось переселить горцев из горных районов, для чего в равнинной части Кубани правительство планировало выделить более миллиона десятин земли.
Большая часть горцев под влиянием различных обстоятельств покинула территорию своего традиционного проживания и эмигрировала в Турцию. По данным А. Берже, с территории Северного Кавказа переселилось в Турцию 418 тысяч человек. Современные исследователи считают, что в период с 1858 по 1865 г. эмигрировало более 493 тысяч человек. Российское правительство стремилось оказать помощь в переселении, выделило значительные суммы для субсидий. Однако этот процесс сопровождался гибелью адыгов как в пути, так и в самой Турции, оказавшейся совершенно не подготовленной к принятию эмигрантов на своей территории.
В 1864 г. в урочище Кбаада (ныне курорт Красная Поляна) была завершена Кавказская война встречей двух отрядов русских войск, двигавшихся навстречу друг другу. Завоеванные территории были в краткие сроки заселены казаками Кубанского, Донского, Оренбургского и других войск, солдатами Кавказской армии, крестьянами.
В результате за Россией была закреплена территория Северо-Западного Кавказа, существенно расширилась сфера влияния активно развивающегося российского капитализма. Для адыгов положительным было прекращение хищнических набегов, расширение культурных связей с Россией, что в конечном счете благотворно повлияло на социально-экономическое и политическое развитие народов Кубани.
В середине XIX в. с целью унификации административного управления были проведены мероприятия по сближению Кубанского края с внутренними губерниями Российской империи. Указом Александра II от 8 февраля 1860 г. образовалась новая административно-территориальная единица — Кубанская область. Область общей площадью более 81 тыс. квадратных километров состояла из земель Черноморского и части Кавказского линейного казачьих войск. На севере Кубанская область граничила с землями Войска Донского, на востоке и юго-востоке — со Ставропольской губернией и Терской областью, на западе имелись выходы к Черному и Азовскому морям. Дальнейшее расширение территории Кубанской области осуществлялось за счет освоения Закубанья, которое по рескрипту от 23 июля 1861 г. и «Положению о заселении западной части Кавказского хребта кубанскими казаками и другими переселенцами из России» от 10 мая 1862 г. предоставлялось в пользование войску для занятия казачьими станицами.
Кубанская область была разделена на пять уездов — Баталпашинский, Ейский, Екатеринодарский, Майкопский и Темрюкский. Областным центром являлся Екатеринодар. В 1876 г. было учреждено еще два уезда — Закубанский и Кавказский. В 1888 г. административное деление незначительно изменилось. Вместо семи уездов учреждались семь отделов: Ейский, Екатеринодарский, Майкопский, Темрюкский (в 1910 г. переименован в Таманский), Лабинский (вместо Закубанского), Кавказский и Баталпашинский.
Черноморское побережье не входило в состав войсковых земель. Десятого марта 1866 г. был образован Черноморский округ, к которому в 1868 г. присоединили земли Шапсугского берегового батальона (вскоре упраздненного). С 1888 г. Черноморский округ в административном плане числился в составе Закавказья, а в порядке управления подчинялся начальнику Кубанской области. В 1896 г. с целью более эффективного освоения западного побережья Черного моря округ был преобразован в Черноморскую губернию с центром в г. Новороссийске.
