Одновременно с началом административных реформ указом Александра II от 19 ноября I860 г. Черноморское казачье войско было объединено с правым крылом Кавказской линии — первыми шестью бригадами Кавказского линейного казачьего войска. Управление в Кубанской области объединялось с административным заведованием Кубанским казачьим войском и осуществлялось начальником области (одновременно являющимся наказным атаманом Кубанского казачьего войска), областным и войсковым правлениями. Административные учреждения составляли вертикаль: областные, отдельские и окружное, городские, станичные. Вопросы административного и полицейского управления (кроме чинов Отдельного корпуса жандармов) находились в ведении Военного министерства. Начальник области обладал правами и обязанностями губернатора и дополнительными полномочиями по управлению горским населением. Определенные отличия существовали в объеме функций и обязанностей областного правления. Помимо общих по губернскому учреждению, в правлении также сосредоточивались дела по земским повинностям, поддержанию инфраструктуры (дороги, мосты), ведению финансовых дел войска и надзору за землями и угодьями. Низовую ступень администрации составляли станичные (поселковые) атаманы и станичные сходы. Во второй половине XIX в. должность станичного атамана оставалась единственной выборной.
Если с I860 г. приоритет в управлении получили гражданские власти, то с середины 1880-х годов вся административная и военная власть была в руках казачьей администрации. Учреждается должность Войскового наказного атамана Кавказских казачьих войск (Кубанского и Терского), присоединяющаяся к должности главноначальствующего гражданской частью на Кавказе и главнокомандующего Кавказской армией. Инициатором этих реформ был князь А. М. Дондуков-Корсаков.
Основной задачей казачьих войск было отбывание воинской повинности. Кубанское казачество (наряду с другими казачьими войсками) участвовало во всех войнах, которые вела Россия во второй половине XIX — начале XX в. Во второй половине XIX в. поголовная служба кубанских казаков была отменена, на военную службу в мирное время направлялись части общей численностью 36 тысяч человек, а остальные казаки зачислялись в неслужилый разряд. С них взимался особый налог в пользу войсковой казны. В 1882 г. общий срок службы составлял 20 лет. С 38-летнего возраста казаки освобождались от службы, и лишь в случае войны их могли мобилизовать в войсковое ополчение, но только до 48 лет.
Служба казаков существенно не изменилась, поменялась география дислокации казачьих частей — после окончания Кавказской войны кубанские казаки охраняли пограничную линию в Закавказье, а с присоединением Средней Азии — границу с Афганистаном.
В ходе войн, ведущихся Российской империей, кубанские казаки в 1873 г. участвовали в Хивинском походе. В ходе русско-турецкой войны 1877–1878 гг. на главный (балканский) театр военных действий были командированы 2-й Кубанский казачий полк (891 казак, 16 офицеров), две сотни 7-го пешего пластунского батальона (306 человек), а также два казачьих эскадрона из Собственного Его Императорского Величества конвоя. Второстепенный для России кавказский театр военных действий оказался «главным» для кубанцев, куда было направлено шесть конных полков, одна сотня 7-го пластунского батальона, две конные батареи.
Казаки участвовали в штурме Гелевердинских высот, взятии крепости Ардаган, обороне Баязета, защите Зорского перевала и Шипки, в штурме и взятии Карса и Эрзерума, не считая стычек и перестрелок с неприятелем. Один из самых требовательных военачальников того времени генерал М. Д. Скобелев отмечал особые заслуги кубанцев. За участие в войне 72 кубанца были награждены самым почетным орденом — Св. Георгия III и IV степени.
В 1880–1881 гг. кубанцы участвовали в Ахалтекинской экспедиции генерала М. Д. Скобелева по приведению туркменских племен к покорности и присяге. Особенно кубанцы отличились при переходе горного перевала Капет-Дага, который сами туркмены считали непроходимым для конницы, в осаде и взятии крепости Геок-Тепе. С присоединением Ахалтекинского оазиса Россия прочно утвердилась в Туркестане и разрушила планы Великобритании на выход к Каспийскому морю.
