Сангье Гьяцо также вступил в контакт с Галданом, лидером Джунгарского ханства, врагом хошутских монголов, чтобы достичь баланса власти. Оказанная им поддержка Галдана от имени Далай-ламы V не была одобрена императором Канси. В 1685 году он тайно выбрал родившегося в Таванге Цангьяна Гьяцо реинкарнацией Далай-ламы. После поражения Галдана в 1694 году императорский двор династии Цин узнал о смерти Далай-ламы V от пленных джунгар. На допросе Сангье Гьяцо вынужден был признать, что Далай-лама скончался много лет назад, и реинкарнация была идентифицирована. С одобрения императора Цангьян Гьяцо отправился в Нагарзе Дзонг, где ему Панчен-ламой V был присвоен сан, а затем переехал во дворец Потала для интронизации.
Конфликты между монгольскими и тибетскими лидерами обострились после смерти Далай-ламы V. Лхавзан-хан (в др. источниках – Лхасан-хан), принявший присягу в 1701 году, находился в состоянии конфликта с Сангье Гьяцо. Их вассалы в 1703 году устроили в Лхасе вооруженное противостояние, но монахи трех главных монастырей немедленно примирили воюющих. Сангье Гьяцо передал титул регента своему сыну Нгавангу Ринчену, а Лхавзан-хан уехал в свою резиденцию в Дамсунге. Но их мир длился недолго. Два года спустя Сангье Гьяцо собрал войска в Лхасе и снова атаковал хана. Лхавзан-хан собрал три армии для контрнаступления, во время которого разгромил армию Сангье Гьяцо и убил его самого в Пенгбо. Хан доложил о сражениях правителям династии Цин. Он также обвинил Сангье Гьяцо в нарушении монашеских правил и употреблении алкоголя, попросив императора Цин сложить с того титул Далай-ламы. Император Канси удовлетворил эту просьбу и отправил в качестве послов генерала армии Сичжу и старшего секретаря Шуланя, чтобы присвоить Лхавзан-хану титул
Тем временем Лже-Далай-лама (Цангьян Гьяцо) и жена Сангье Гьяцо были отправлены в Пекин под конвоем. Цангьян Гьяцо умер от болезни в Синине в возрасте 24 лет. Лхавзан-хан назначил Далай-ламой Гелугпа-ламу Еше Гьяцо. После ходатайства Панчен-ламы V императорский двор Цин одобрил его назначение в 1707 году. Два года спустя двор династии Цин отправил в Тибет послов с императорским мандатом и золотой печатью. Церемония интронизации проходила во дворце Потала под руководством Панчен-ламы V.
Вмешательство Лхавзан-хана привело к новым конфликтам. Некоторые монахи трех главных монастырей и некоторые хошутские монгольские вельможи не желали признавать законность Еше Гьяцо. Они, цитируя знаменитое стихотворение Цанъяна Гьяцо как пророчество («Белый журавль, одолжи мне свои крылья. Далеко я не улетаю. Из Литанга я вернусь») объявили Келзанга Гьяцо (в др. источниках-Кэлсана Гьяцо) реинкарнацией ламы. Мальчик, родившийся в 1708 году в Литанге, Кхам, был сначала перевезен в Деге в целях безопасности, а затем препровожден в монастырь Кумбум в Синине, Цинхай.
В 1709 году император Канси послал помощника министра Хэшоу в Тибет, чтобы «помочь в решении тибетских дел». Хаос в Тибете предопределил возможность осуществить свои планы Цевангу Рабтану из Джунгарского ханства. Он решил выдать свою дочь замуж за сына Лхавзан-хана, а затем неожиданно направил войска в Тибет в 1717 году. Он также послал небольшую армию в монастырь Кумбум и попытался захватить Келзанга Гьяцо, чтобы обеспечить себе поддержку тибетского народа. Когда джунгарская армия достигла Северного Тибета, Лхавзан-хан раскрыл заговор и поспешно организовал оборону. Джунгарские войска, атаковавшие монастырь Кумбум, были разбиты цинской армией. Однако, чтобы подорвать боевой дух Лхавзан-хана, джунгары заявили, что они захватили настоящего Далай-ламу и отправят его в Лхасу. Лхавзан-хан поспешно отвел свою армию обратно в Лхасу, чтобы оборонять город и ждать прибытия цинской армии. Некоторые монахи и чиновники, недовольные правлением Лхавзан-хана, объединились с джунгарской армией. Лхаса была быстро завоевана. Лхавзан-хан сначала бежал во дворец Потала, а затем был убит при попытке прорыва. Джунгарская армия свергла Еше Гьяцо, назначив вместо него своих чиновников для управления местными делами, но они в большей мере шантажировали монахов и мирян и грабили непокорные монастыри. Особенно пострадали в это время монастыри Чокоргьель и Миндрулинг.
