Фолхан много сделал, чтобы залечить раны войны, поддержать общественный порядок, увеличить производство, решить проблему бедности и укрепить военную оборону. Он инициировал строительство казарм в северном пригороде Лхасы, где прошли обучение в общей сложности 10 тыс. кавалеристов и 15 тыс. пехотинцев. Сравнительно хорошо оснащенные и обученные тибетские войска начали устанавливать контрольно-пропускные пункты на путях из Тибета в Джунгар, предотвращая попытки вторжения и поддерживая мир на границе. Фолхан реорганизовал местные почтовые станции, чтобы гарантировать доставку декретов. Пхолхане получил миссию поклонения Буддам Джунгар, одобренную императором Цяньлуном, и был награжден Центральным правительством Цин. После смерти Пхолхане в 1747 году его сын Гюрме Намгьял (в др. источниках – Гьюрмэ Намгьял) унаследовал титул принца и стал управлять Тибетом. Новый правитель, будучи властным и деспотичным, стремился отстаивать свои интересы. Он убил своего старшего брата в Нгари, поссорился с Далай-ламой и стал враждебно относиться к амбаням. Он укрепил оборону и обратился к джунгарским монголам с просьбой о помощи. Поскольку в 1733 году большая часть цинских войск была отозвана, положение в Лхасе стало критическим. В 1751 году Гюрме Намгьял был убит китайским амбанем за участие в заговоре с джунгарами. Однако дом амбаня затем был сожжен, имущество разграблено. Инцидент получил название
Император Цяньлун посчитал, что восстание произошло из-за сосредоточения власти у главного калона Гюрме Намгьяла. Он решил воспользоваться возможностью и реформировать местную административную систему, заменив администрацию принца правительством Кашаг во главе с Далай-ламой. Кашаг, или местное правительство Тибета, состоял из монашествовавшего калона и трех светских калонов, при этом все они имели равный статус. Приказом амбаня и Далай-ламы им было поручено совместно заниматься местными делами. Самоутверждение было запрещено, за этим пристально следили амбани. Между тем бывшее феодальное владение Гюрме Намгьяла, включавшее 39 племен в Северном Тибете и Дамсунге, было упразднено и оказалось под непосредственным управлением амбаней.
Далай-лама VII скончался в 1757 году, так что Тибетом он правил недолго. После его смерти Чангкья Хутухту приехал в Тибет и возглавил поиски реинкарнации ламы. Демо Ринпоче, настоятель монастыря Тенгьелинг, занимался урегулированием местных вопросов от имени Далай-ламы. Это положило начало регентской системе в Тибете.
При участии Панчен-ламы VI Джампель Гьяцо (1758–1804) (в др. источниках – Чжампэл Гьяцо) стал Далай-ламой VIII. Демо Ринпоче умер в 1777 году, и Цемонлинг Ринпоче, бывший Кхенпо храма ламы в Пекине, сменил его на посту. Была создана административная система, в которую входили Далай-лама, амбани и регент. В 1779 году Центральное правительство Цин пригласило Панчен-ламу VI в Пекин. Он прибыл в Рехэ в августе 1780 года на празднование 70-летия императора Цяньлуна, но два месяца спустя умер от болезни в Желтом храме Пекина. Далай-лама VIII вступил в должность в 1784 году. После того как в 1786 году умер государственный наставник Чангкья Ролпе Дордже, Центральное правительство Цин вызвало Цемонлинга Ринпоче в Пекин, а Джедрунг Хутухту получил приказ помогать Далай-ламе в решении политических вопросов.
В 1788 году в регион Цанг вторглись гуркхи. Непал исторически был разделен на три царства: Катманду, Бхактапур и Ялу, связанные столицей, перенесенной в 1786 году в Катманду. Цанг географически примыкает к королевству Гуркха, и традиционно приграничные торговые отношения были тесными, несмотря на эпизодические столкновения. В 1788 году Гуркха послало зооо солдат для оккупации пограничных городов Гьиронг, Ньялам и Цонга под предлогом обмена валюты, повышения налогов и наличия песка в проданной соли. Император Цяньлун приказал генералу Чэнду Эхуэю и военному коменданту провинции Сычуань Чендэ изгнать захватчиков из Тибета.
