После смерти Гендуна Друпа должность настоятеля монастыря Ташилхунпо досталась одному из его учеников. Однако некоторые сочли, что родившийся в Толунге Гендун Гьяцо (1475–1542) является реинкарнацией Гендуна Друпа, и пригласили его жить в монастыре Ташилхунпо. Его статус оставался неопределенным, поскольку Гелугпой еще не была официально признана система реинкарнации. Однако Гендун Гьяцо отправился в монастырь Дрепунг изучать буддизм. Он приобрел большую известность во время своего пребывания в регионе У, а затем построил монастырь Чокоргьель в Шаньнане. Еше Цемо пригласил его занять пост настоятеля монастыря Ташилхунпо в 1512 году, и это означало победу доктрины реинкарнации над передачей поста от настоятеля к ученику. Когда семья Ринпунгпы запретила монахам Гелугпы посещать Великий молитвенный праздник в Лхасе, Гендуна Гьяцо попросили приехать в монастырь Дрепунг и помочь разрешить противоречия. Он стал настоятелем монастыря Дрепунг в 1517 году и председательствовал на Великом молитвенном празднике в январе следующего года. Таким образом, монахи Гелугпа вновь получили право посещать подобные буддийские мероприятия. В 1525 году Гендун Гьяцо также служил настоятелем монастыря Сера. Его реинкарнации стали настоятелями монастырей Сера и Дрепунг. Его влияние на систему реинкарнации и фактический статус были выше, чем у Гандена Трипы, поэтому он стал фактическим лидером Гелугпа. Ной Дзонгпен подарил ему имение в монастыре Дрепунг. Позже оно было переименовано в Ганден Пходранг.
Сонам Гьяцо (1543–1588), реинкарнация Гендуна Гьяцо, сыграл решающую роль в стремительном распространении Гелугпа. По приглашению вождя тумед-монголов Алтан-хана в 1577 году он отправился в Цинхай на встречу с ханом. Алтан-хан даровал ему титул Всезнающего, держащего ваджру Далай-ламы. Так возник и впервые был использован термин Далай-лама. Гелугпа немедленно стала использовать этот термин в своей системе реинкарнации тулку. Сонама Гьяцо называли третьим Далай-ламой. После того как он убедил Алтан-хана вернуться назад, в Монголию, Сонам Гьяцо пользовался еще большим вниманием и признанием со стороны династии Мин. Когда Сонам Гьяцо вел погребальную церемонию на похоронах Алтан-хана в Хоххоте в 1586 году, Центральное правительство династии Мин отправило послов с целью присвоить ему титул
Йонтена Гьяцо (1589–1616), правнука Алтан-хана, идентифицировала и Гелугпа, и тумед-могол как реинкарнация Сонама Гьяцо. Монгольская армия и аристократы сопровождали мальчика во время пути, чтобы тот был возведен на трон в качестве четвертого Далай-ламы в Тибете. Это событие сильно укрепило позиции Гелугпа, которая очень пострадала от режима Цангпы, когда школе приходилось выживать в суровых условиях. Йонтен Гьяцо принял постриг послушника и был посвящен в монахи Лобсангом Чокьи Гьялценом (1570–1662), тогдашним настоятелем монастыря Ташилхунпо. Это значительно улучшило положение монастыря. Последующие настоятели монастыря должны были быть его реинкарнациями. Таким образом, он сформировал еще одну линию реинкарнаций в системе тулку – Панчен-ламу.
После смерти четвертого Далай-ламы в 1616 году режим Цангпа победил разделявшего идеи Гелугпа дези из Лхасы. Впоследствии этот режим запретил систему реинкарнации Далай-ламы и конфисковал земли и подданных у монастырей Дрепунг и Сера. Гелугпа пригласила монгол-тумедов из Цинхая и разгромила войска Цангпа. После смерти дези Цангпы Пхунцока Намгьяла новым лидером стал 16-летний Карма Тенкен Вангпо. Однако его сподвижники разошлись во мнениях относительно системы реинкарнации.
По просьбе Лобсанга Чоски Гьялцена новый лидер Цангпа наконец согласился заняться поисками реинкарнации Йонтена Гьяцо. Вскоре был идентифицирован и возведен на трон в монастыре Дрепунг пятый Далай-лама. В 1630 году тумед-монголов, главных сторонников Гелугпы, победил чахар-монгольский хан Лигдан-хан, на которого оказал давление, вынуждая двигаться на запад, в Цинхай, набиравший силу режим Поздней Цзинь (позднее переименованный в династию Цин). В таких условиях Гелугпа обратилась за помощью к синьцзянским ойрат-монголам, которые совсем недавно приняли учение Гелугпа. Гуши-хан Хошута, входивший в состав территории ойрат-монголов, собрал армию и занял Цинхай в 1637 году и Кхам в 1639 году. Три года спустя Гуши-хан и Гелугпа объединились и напали на Цангпу. Они заняли Шигадзе и свергли режим Цангпа, установив режим правления Ганден Пходранг, оплотом которого стали территория Хошут и религиозная школа Гелуг.
