Действия джунгарской армии глубоко разочаровали тех, кто ранее возлагал на нее надежды. Сианьский генерал Элунте по приказу Цинского императорского двора привел несколько тысяч солдат в Тибет в 1718 году, но был осажден джунгарами в пустынях Северного Тибета. Никто из засады не выбрался, так как запасы еды иссякли. Принц Юньти в 1720 году ввел в Тибет цинскую армию и часть монгольских войск, изгнав джунгаров с захваченной территории. Келзанг Гьяцо был вновь признан Далай-ламой и препровожден в Тибет для интронизации. Ему также присвоили титул
Избавившись от джунгар, Цинский императорский двор не стал выбирать монгольских вождей в Цинхае, чтобы те правили Тибетом. Вместо этого было установлено прямое правление, для чего выбрано несколько калонов (министров) из тибетской знати. Хангченне был назначен главным калоном для ведения всех местных дел. Однако между калонами вскоре вспыхнули конфликты. В 1727 году калоны Нгапхопа, Лумпане и Чараба объединились для борьбы за власть. Они убили главного калона Кхангченне и послали своих преданных людей арестовать Фолхана в Цанге. Пхолхане немедленно сообщил о перевороте Центральному правительству Цин и в союзе с Нгари Гашибой, братом Кхангченне, объявил войну Нгапхопе. Обе стороны сражались в Гяндзе больше полугода. В итоге Пхолхане завоевал Лхасу и захватил Нгапхопу с помощью монахов из трех главных монастырей. После того как цинская армия прибыла в Лхасу, Нгапхопу и его союзников казнили. Императорский двор династии Цин высоко оценил боевые достижения Пхолхане, даровал ему титул
В 1728 году император Юнчжэн перевез Далай-ламу VII в монастырь Хуэйюань в Тайнин провинции Сычуань. Отцу Далай-ламы Сонаму Даргье был присвоен новый титул – помощника Принца Учения, и его тут же вызвали в Пекин, чтобы предотвратить его вмешательство в тибетские дела. Это был первый титул, дарованный Центральным правительством члену семьи Далай-ламы. После того как угроза джунгарских монголов была устранена в 1735 году, император Юнчжэн послал вице-командующего Фушоу и государственного наставника Чанкья Ролпая Дордже сопровождать Далай-ламу обратно в Лхасу. В 1727 году Центральное правительство Цин учредило должность