Опиумные войны 1840 года положили начало современной китайской истории. По мере эскалации империалистической агрессии Китай постепенно превращался в полуколониальное и полуфеодальное общество. Китайцы разного этнического происхождения вели героическую борьбу с империалистическими силами. Чтобы сохранить свои позиции, Центральное правительство Цин шло на компромисс с иностранными захватчиками и подавляло внутреннее сопротивление. Более поздняя история Тибета имела те же особенности.
Во время двадцатилетнего пребывания на посту регента Цемонлинг Ринпоче II неоднократно имел разногласия с тибетскими монахами и чиновниками. В 1844 году Панчен-лама VII обвинил его в получении взяток, вымогательстве, организации заговора с целью убийства Далай-ламы IX и Далай-ламы X, а также в оскорблении Далай-ламы XI. Центральное правительство Цин приказало амбаню Цишаню расследовать это дело. Цишань проявил себя тем, что во время Опиумных войн сдался в плен британским захватчикам. После увольнения с поста генерал-губернатора провинций Гуандун и Гуанси его отправили в Тибет и назначили на должность амбаня. Согласно отчету Цишаня, Цемонлинг Ринпоче II был виновен по всем пунктам, вскоре его уволили и арестовали. Монахи из монастыря Сера ходатайствовали о его освобождении, но прошение о помиловании было сразу отклонено. Бывший регент был помещен под домашний арест в Ганьнане. Панчен-ламу VII попросили исполнять обязанности регента, но через семь месяцев он оставил эту должность и вернулся в монастырь Ташилхунпо. Затем Центральное правительство Цин назначило регентом Нгаванга Еше Цултрима Гьялцена, Ретинга Ринпоче III.
Конфликты между высшими чиновниками продолжались. В 1855 году регент Ретинг Ринпоче и Калон Шатра Вангчуг Гьелпо обвинили Демо Ринпоче в нарушении монашеских правил. С одобрения амбаней они задержали Демо Ринпоче в Цонке Цанга. Тем временем Непал при поддержке Великобритании вновь вторгся в Тибет. Тибетская армия и народ оказали героическое сопротивление, но Центральное правительство Цин было слишком занято подавлением Тайпинского восстания (приведшего к возникновению Тайпинского «Небесного царства»), чтобы прийти на помощь тибетцам. Под руководством амбаня Хетехе местные власти Тибета и Непала в 1856 году подписали невыгодное соглашение с Непалом.
Однажды калон Шатра Вангчуг Гьелпо попытался оспорить регентство Ретинга Ринпоче, но потерпел неудачу, был уволен и задержан в Ньемо Манорфе. Панчен-лама VIII был идентифицирован процедурой золотой урны в 1856 году, а Далай-лама XII – в 1858 году. Калон Шатра вместе с несколькими старшими ламами монастырей Ганден и Дрепунг спровоцировал бунт в начале 1862 года, использовав как повод раздачу милостыни. Поскольку амбань Маньцин частично поддержал мятежников, Ретинг Ринпоче бежал в Пекин со своей регентской печатью и мандатом. Калон Шатра провозгласил себя главой местной администрации, фактически регентом. Центральное правительство Цин приняло доклад Маньцина и отправило людей в Тибет для расследования обвинений в адрес Ретинга Ринпоче. Однако, поскольку дороги были заблокированы, расследование пришлось надолго отложить, и конфликты остались неурегулированными. В итоге борьба за власть закончилась только после смерти Ретинга Ринпоче в Пекине в феврале 1863 года и смерти калона Шатры Вангчуга Гьелпо в 1864 году. В 1866 году уроженец Дарцендо (современный Кандин) Лобсанг Кхьенраб Вангчуг, бывший Ганден Трипа и старший наставник Далай-ламы, был назначен регентом по решению Центрального правительства Цин. Ему, также известному как Тагдраг Ринпоче I, был присвоен титул
В 1871 году в Тибете начались волнения. Монах монастыря Ганден (позже Чикяк Кхенпо) Пелден Дондуп (в др. источниках – Пэлдэн Дондуб), который когда-то помогал привести Шатру Вангчуг Гьелпо к регентству, планировал заставить регента Тагдрага Ринпоче уйти в отставку и свергнуть Далай-ламу XII. После того как его заговор был раскрыт, Пелден Дондуп бежал в монастырь Гандан. Регент и амбани мобилизовали тысячи солдат для захвата монастыря. Пелден Дондуп был убит во время побега. Далай-лама XII приобрел фактическую власть после смерти регента Тагдрага Ринпоче в 1872 году, однако сам скончался три месяца спустя. Джедрунг Ринпоче Нгаванг Пелден Чокьи Гьялцен стал регентом. В 1876 году он возглавил поиски реинкарнации Далай-ламы XIII и определил его кандидатуру с помощью процедуры золотой урны. В 1882 году Панчен-лама VIII умер.
