Несмотря на прежние военные неудачи и сопротивление амбаней, тибетские солдаты проявляли твердую волю к борьбе против британского вторжения. В дополнение к неоднократным просьбам к императору Цин «мобилизовать ханьских китайских солдат и обеспечить им соответствующее жалованье и провизию» в Гяндзе было мобилизовано местное ополчение. В начале мая более 10 тыс. тибетских солдат были размещены в Шигадзе, Гяндзе и Нагарзе. 3 мая Фрэнсис Янгхазбенд снова рассредоточил свои силы. Часть британских войск дислоцировалась в Чанло-Линке. Остальные, во главе с подполковником Гербертом Брандером, разбили тибетскую армию в Каро-Ла и теснили ее в направлении Нагарзе. В это же время основные силы тибетской армии продвинулись к Гяндзе, вернув себе замок Цзуншань, монастырь Пелкор Чоде и другие важные опорные пункты. Больше тысячи тибетских солдат проникли в Чанло-Линку еще до рассвета и осадили британский лагерь. Они ускорили строительство оборонительных сооружений, чтобы связать замок Цзуншань и монастырь Пелкор Чоде, полные решимости до конца бороться с британской агрессией. Получив подкрепление, 24 мая британская армия атаковала деревню Пала и понесла значительные потери при ее захвате. Тибетские солдаты убили британского капитана Джастина и ранили еще двоих. В конце июня Янгхазбенд и Макдональд мобилизовали еще больше солдат из Ядуна в Гяндзе, начав ожесточенное наступление на монастырь Наньин. Защищая высокие стены, тибетские войска и монахи оказывали упорное сопротивление. Британская армия использовала пушки, чтобы взорвать стены и разрушить большую часть монастыря, тибетцы вступили в рукопашный бой. Множество тибетских солдат пожертвовали своими жизнями. Захват монастыря Наньин, где когда-то практиковали буддизм Цонкапа, Далай-ламы I и II, стоил британцам более 200 человек. Британская армия разграбила монастырь и расстреляла отказавшихся сдаться буддийских монахов.
Тибетская делегация, состоявшая из Калон Гю Тхога, Хендрунга и представителей трех крупных монастырей, встретилась с Фрэнсисом Янгхазбендом в Гяндзе 1 июля и потребовала вывода британских войск. Им было отказано под предлогом отсутствия санкции Кашага. Вместо этого британский полковник выдвинул ультиматум: тибетская армия должна покинуть замок Цзуншань в Гяндзе до полудня 5 июля. Это безосновательное требование, конечно, было отвергнуто. В тот же день британская армия предприняла полномасштабную атаку на Цзуншань. Тибетские войска несколько раз отбивали атаки англичан, но после обстрела складов они лишились боеприпасов и продовольствия. Тибетцы отступили в монастырь Пелкор Чоде, который также сильно пострадал во время боя. Оборона Гяндзе в мае – июле 1903 года свидетельствует о героизме тибетцев, их несгибаемом духе и твердой решимости противостоять британскому вторжению. Эта самоотверженная борьба – славная страница в истории Тибета, которая заслуживает вечной памяти и глубокого уважения.
После битвы при Гяндзе британские войска двинулись к Лхасе. Клика сторонников капитуляции начала набирать силу в правительстве Кашаг, им удалось добиться издания указа о прекращении сопротивления. Они также направили своих представителей для переговоров с британской армией, пытаясь убедить ее не входить в Лхасу. Во время переговоров по торговым и пограничным вопросам Янгхазбенд сбросил маску посланника мира. Он проигнорировал призывы к мирным переговорам и решил напасть на Лхасу. После того как 31 июля британские войска переправились через реку Ярлунгцангпо у Кушуя, Далай-лама XIII со своей свитой бежал из Лхасы. Беглецы пересекли горы Тангла и направились во Внешнюю Монголию через бассейн реки Кайдам и уезд Анси. Ганден Трипа Лобсанг Гьялцен был назначен исполняющим обязанности регента для ведения политических дел с помощью калонов и представителей трех главных монастырей. Британские войска заняли Лхасу 3 августа. После того как Далай-лама XIII бежал из Лхасы, Центральное правительство Цин временно лишило его титула по просьбе амбаня Ютая.
