Его приезд был вызван внезапно возникшим церковным нестроением. Введение опричнины привело к кризису внутри Русской Церкви. Уже опричный государев чин — так, как его понимал Грозный, — сам по себе нарушал традиционные взаимоотношения светской и духовной власти, ибо царь фактически присвоил себе главенство в вопросах церковной жизни. Это отлично подметил один иностранец, который писал, что «всей своей одеждой, окружением и всем прочим» царь выказывал «величие даже не королевское, но почти папское»; более того, и то, «что относилось к почитанию Бога, он перенес на проявление самого себя». С другой стороны, обязательство не ходатайствовать за опальных, вырванное Грозным у духовенства при учреждении опричнины, лишало Церковь значительной доли нравственного авторитета.
Не подлежит никакому сомнению, что Церковь в целом была недовольна опричниной. Разделение государства, предпринятое царем, шло вразрез с идеей единства русской земли — этой воистину святой и величественной мыслью, которую Церковь тщательно культивировала на протяжении веков и которая, не утратив своей первоначальной духовной основы, была в конце концов развернута в государственную доктрину, сохранившую значение политической аксиомы и по сегодняшний день. Но личные качества митрополита Афанасия, возглавившего Церковь накануне учреждения опричнины, не позволили ему открыто воспротивиться разгулу беззакония. Его неприятие опричных порядков выразилось лишь в том, что в мае 1566 года, за месяц перед открытием Земского собора, он самовольно сложил с себя сан митрополита и удалился в Чудов монастырь. Пытаясь скрыть очевидную оппозиционность этого поступка, царь велел объявить, что митрополит оставил престол «за немощью велией».
Вакантное первосвятительское место Иван поначалу предложил занять архиепископу Казанскому Герману, который, сменив в казанской земле архиепископа Гурия, показал себя ревнителем православия. Герман покорно переехал на митрополичий двор, но в первой же беседе с царем стал «тихими и кроткими словесы» убеждать его отменить опричнину. Впрочем, данное известие спорно, потому что эту беседу Германа с царем, происходившую наедине, подслушал все тот же вездесущий Курбский, сидевший в это время в своем Ковельском имении. Возможно, Ивана насторожило то, что новый митрополит «Максима Философа (М. Грека. —
И вот, во время заседаний Земского собора Иван остановил свой выбор на игумене Филиппе.
В миру его звали Федором Степановичем, и происходил он из знатного рода Колычевых. Эти старомосковские бояре имели общего предка с боярами Захарьиными-Юрьевыми — Андрея Кобылу и таким образом состояли в родстве с семьей, которой суждено было дать России новую династию. Колычевы издавна служили московским государям и старицким удельным князьям, что предопределило печальную участь многих членов этой фамилии. В опалах и казнях погибло одиннадцать Колычевых. Но в то же время около десятка Колычевых было записано в опричнину.
Федор Степанович родился 11 февраля 1507 года в новгородской земле, где его отец Степан Иванович владел поместьем. Мальчик готовился пойти по стопам своих предков — в государеву службу. Его детство и отрочество прошли в «книжном учении» и познании правил «воинской храбрости». Затем он был взят ко двору Василия III. В это время с ним, вероятно, познакомился и малолетний Иван, но показать свое усердие на государственной службе Федору Степановичу не довелось. Напротив, в 1537 году ему пришлось бежать из Москвы, спасая свою жизнь, — очевидно, он оказался замешан в деле удельного князя Андрея Старицкого. Род Колычевых тогда тоже подвергся опале: Иван Умной-Колычев, его троюродные братья Андрей Иванович и Гаврила Владимирович, были биты кнутом и казнены. Остальные Колычевы, видимо, тоже ходили под подозрением.
Прежняя жизнь пошла прахом. Некоторое время беглый боярин пас скот у одного крестьянина в Кижах, потом перебрался еще дальше на север — в Соловецкий монастырь, где принял постриг под именем Филиппа. Выполняя в течение десяти лет различные тяжелые послушания, Филипп заслужил доверие и уважение братии, которая в 1548 году выбрала его игуменом.