Незадолго до появления Филиппа на Соловках в обители случился сильный пожар, и «монастырь сгорел весь до основания». За те восемнадцать лет, которые Филипп управлял обителью, Соловецкий монастырь обновился и преобразился. Новый игумен пробудил и оживил созидательную силу и лучшие традиции осифлянства; Церковь приобрела в нем неутомимого труженика и подвижника. Получая от казны щедрые дары — земли, деревни, утварь, торговые льготы, — монастырь богател и рос, количество монахов вскоре достигло двух сотен. Доходы и пожалования дали возможность игумену и братии развить на суровой соловецкой земле кипучую хозяйственную деятельность, причем Филипп обнаружил талант энергичного организатора. Обитель сделалась как бы лабораторией технических изобретений. Монахи придумывали одно за другим разные хозяйственные приспособления — то сеялку с десятью решетами, на которой работал всего один старец; то чаны и трубы для варки и разлива кваса, который «сам сольется изо всех чанов, да вверх подоимут, ино трубою пойдет в монастырь, да и в погреб сам льется, да и по бочкам разойдется сам по всем»; то ветряные мельницы с мехами, благодаря которым работники монастыря перестали вручную веять рожь. На выделке кирпича людей, мявших глину, заменили лошадьми. При Филиппе была продумана и создана система каналов, соединивших многочисленные озера, осушены болота, выкопаны пруды для разведения рыбы, сделаны просеки в лесах, проложены дороги, устроены соляной и железоделательный промыслы, выстроены водяные мельницы. Игумен питал страсть к каменному строению, и в годы его управления обитель украсилась двумя каменными храмами — Успенской церковью и Преображенским собором, для братии были выстроены каменные двух- и трехъярусные кельи, больница, трапезная, из хозяйственных построек появились новая келарня с мукосейней и хлебопекарней, хлебный и квасной погреба. Вместо бил и клепал Филипп завел колокола. Размах его деятельности казался сказочным самим монахам, на глазах у которых все это происходило. «О отче, — спрашивали они, — откуда имаши злато на воздвижение великия церкви?» Некоторые монахи, желавшие покойного жития, даже роптали, однако «аще и не хотяще, но покоряющеся наставнику своему».
В сане игумена Филипп вновь сделался известен царю; посетив Москву в 1550—1551 годах для участия в работе Стоглавого собора, соловецкий игумен заслужил расположение Грозного. Царь пожаловал монастырю грамоты на села и волости, подарил Филиппу богатые ризы, шитые жемчугом, и два покрова на раки святых угодников соловецких — Зосимы и Савватия, а впоследствии прислал тысячу рублей на строительство Преображенского собора и разную утварь для его украшения.
Как уже было сказано, Филипп появился в Москве в тревожное время, когда 300 земских бояр и дворян подали царю челобитную об отмене опричнины. Серьезность положения чувствовали даже иностранцы. Немецкие купцы, вернувшиеся из Москвы в конце этого года, считали, что дело шло к государственному перевороту: «Другое правление должно прийти в стране…» Требования земщины побудили Грозного как можно быстрее уладить свои отношения с духовенством. Он принял Филиппа с великой честью, удостоил царской трапезы и щедро одарил. Но когда царь в присутствии бояр и освященного собора предложил соловецкому игумену первосвятительскую кафедру, Филипп выказал упорное неповиновение. Вначале он просто смиренно отказывался от высокого сана, ссылаясь на слабость своих сил и уподобляя себя малой ладье, неспособной носить великие тяжести; но затем, будучи «понуждаем» царем и собором принять митрополию, высказался откровеннее, публично потребовав, чтобы царь «оставил опричнину» и соединил бы государство «воедино, как прежде было», а иначе «ему в митрополитах быти невозможно», и если его и поставят в митрополиты, то он все равно митрополию оставит.
Иван разгневался, но по челобитью святителей вступил с Филиппом в переговоры. Посредником между царем и игуменом выступил Новгородский архиепископ Пимен, который от имени Грозного попытался разъяснить Филиппу, что опричнина — это личное и семейное дело царя, его «домовой обиход», куда духовенству «вступаться» неприлично, а потому лучше было бы, чтобы игумен не вмешивался не в свое дело, «а на митрополью бы ставился».
Однако Филипп проявил твердость. В результате переговоров уступки пришлось сделать не только ему, но и царю. Соборный приговор явился своего рода компромиссом. Филипп обязался «в опричнину… и в царский домовой обиход не вступатися, а по поставленьи за опричнину и за царский домовой обиход митропольи не оставливати»; но и царь признал за ним право «советования» с государем, «как прежние митрополиты советовали». Иначе говоря, Грозный возвратил духовенству право ходатайства за опальных.