Возникает вопрос: что же побудило царя настоять на поставлении в митрополиты именно Филиппа, когда под рукой находились гораздо более послушливые и угодливые люди, вроде того же архиепископа Пимена? Ответ на него, по-моему, столь же прост, сколь очевиден: Иван желал дать Церкви истинного пастыря, поборника православия. Красота самодержавия была немыслима без красоты церковной. Во всех своих действиях царь исходил из желания блага государству и Церкви — в том смысле, в каком он это благо понимал. Во главе Церкви должен был встать достойнейший, и выбор Ивана безошибочно остановился на знаменитом соловецком игумене, хотя царю при этом, быть может, и пришлось в чем-то переломить себя.
По-видимому, Филипп воспользовался выговоренным правом печалования уже спустя несколько дней после поставления в митрополиты, когда царь обрушил опалы на бояр и дворян, подавших ему крамольную челобитную. Смертной казни подверглись, однако, только двое (по другим известиям, трое) из них — князь Василий Рыбин и Иван Карамышев; 50 человек были биты батогами; остальные 200—250 человек, просидев в тюрьме пять суток, были выпущены без всякого наказания (Курбский и их всех зачислил в жертвы Иванова террора). Вероятно, относительная мягкость приговора не в последнюю очередь объясняется вмешательством нового митрополита.
В течение следующего года ничто не возмущало мира между царем и митрополитом, хотя Филипп в частых беседах с Грозным убеждал его отменить опричнину и не совершать новых казней. В посланиях монастырям он приказывал молиться за государя, который воюет «за святые церкви» против Ливонии и Литвы. Однако столкновение между ними было неизбежно. Трагедия Филиппа состояла в том, что он с самого начала очутился заложником политической интриги. Его ходатайства за опальных относились, увы, не к невинным жертвам, а к заговорщикам.
Весной 1567 года полоцкий воевода боярин Иван Петрович Федоров-Челяднин получил от короля Сигизмунда и литовского гетмана Ходкевича письмо с предложением перейти на службу к Речи Посполитой. Федоров, занимавший недавно одно из первых мест в думе, был сослан на полоцкое воеводство из-за того, что оказался в числе крамольных челобитчиков. Король и гетман напоминали ему о намерении царя «учинить кровопроливство» над ним, о том, что теперь его «трудят» службами в Полоцке и настойчиво звали «податься» в Литву, обещая всяческие милости. Другими словами, Сигизмунд хотел повторить прием, принесший недавно такие блестящие результаты в случае с Курбским.
Помимо этого, король и гетман просили Федорова вручить подобные же письма главным земским боярам — Ивану Бельскому, Ивану Мстиславскому и Михаилу Воротынскому. Первым двум предлагалось отъехать в Литву со всеми своими вооруженными людьми, за что король сулил им возвратить их прежние родовые владения и «сделать государями на своей земле». Воротынского польское правительство прочило на роль руководителя восстания против царя. Три года заточения на Белоозере, по мнению Сигизмунда, должны были сделать из Воротынского хорошего предводителя мятежников. Король звал князя перейти к нему на службу со всеми городами его удельного Новосильско-Одоевского княжества на привилегированных условиях, которыми пользовался герцог Прусский и некоторые другие полунезависимые вассалы польской короны. Платой за измену должны были стать все земли, которые удастся совместно отвоевать у царя, и сверх того несколько литовских замков. План мятежа был разработан до мельчайших деталей, Воротынскому оставалось лишь выполнить его. Король обещал подмогу своими «военными людьми»; средства на заговор предполагалось получить у английских купцов из Московской компании, которым Сигизмунд писал: «Прошу вас, английских купцов, слуг моих доверенных, помогать подателю сего письма и оказывать пособие и помощь тем русским, которые ко мне дружественны, как деньгами, так и всякими другими способами».
Однако планы короля рухнули в самом начале. Федоров переслал изменные письма не Бельскому с Мстиславским, а прямиком царю. После тщательного сыска Грозный расценил королевские предложения как провокацию. В беседе с английским послом Дженкинсоном он поведал, что вначале «весьма оскорбился» королевскими грамотами, но потом решил, что «все это — козни польского короля, сделанные с намерением возбудить подозрения царя к английским купцам, а также вызвать обвинения различных его сановников в измене». Он подозревал, что в этом деле не обошлось без участия Курбского. Позже русские послы по приказанию царя объявили в Литве, что беглый князь «тайно лазутчством со государскими изменники ссылается на государское лихо и на христианское кровопролитие».