Брожения, вызванные изгнанием из Испании, проявились в возникновении ряда мессианских движений. Одной из колоритных фигур был самозванец по имени Давид Рубени, объявивший себя принцем Еврейского царства в Эфиопии, пришедшим с миссией освободить Святую землю от турок. Он сумел добиться аудиенции у папы и у короля Португалии, но затем был арестован и отправлен в Испанию, где, вероятно, погиб в одном из аутодафе. Его ученик, марран Соломон Молхо, поселившись в Сафеде, объявил 1540 г. годом мессианского искупления. Но Мессия так и не пришел, и Соломона сожгла на костре инквизиция города Мантуи.
Самым влиятельным оказалось мессианское движение XVII в. Мистик Саббатай Цеви (род. в 1626 г. в Смирне) пришел к убеждению, что он и есть Мессия. Он приобрел некоторое число последователей, после чего объявил об этом публично, произнеся вслух неизречимое имя Божие. В результате он был незамедлительно отлучен. Он отправился в странствования и посетил Константинополь, Салоники, Каир и Иерусалим, где вербовал себе сторонников. Наиболее значительным из последних был таинственный Натан из Газы, который фактически организовал последователей Саббатая Цеви в массовое движение, получившее название саббатианство. Когда он вернулся в Смирну в 1665 г., его восторженно приветствовали толпы народа, поверившие его предсказанию, что 1666-й будет годом пришествия Мессии; эти его заявления были всерьез восприняты и европейским еврейством. Но когда он отправился в Константинополь, чтобы свергнуть султана, — а это событие должно было открыть собой мессианский век, — его арестовали и посадили в тюрьму. Крепость, где он содержался, стала местом паломничества для многих сотен людей, ожидавших его сигнала к началу похода на Святую землю. Но сигнал так и не поступил; перед лицом ультиматума, поставленного ему султаном, Саббатай Цеви принял ислам и взял имя Мехмета Эффенди.
Крах мессианских претензий Саббатая Цеви явился сильным деморализующим ударом для многих еврейских общин, не обязательно находившихся в ареале Оттоманской империи. В Италии, Польше и Литве, как и в Оттоманской империи, многие не желали оставлять надежду на то, что все еще обернется к лучшему, и уговаривали себя, что обращение Саббатая Цеви — всего лишь маскировка или временное отступление. Сам Натан из Газы утверждал, что тот скрывается в неких высших сферах, откуда в должное время вернется в славе. В XVIII в. это движение возродил в Польше Яков Франк, провозгласивший себя воплотившимся Саббатаем Цеви и проповедовавший странную смесь из каббалистических, христианских, мусульманских и еврейских (по преимуществу идей круга «ЗоТар») доктрин. Но общим результатом краха саббатианства были ослабление еврейского народного духа и отход от интеллектуальной деятельности в целом. Все больше и больше евреев во всем мире ограничивали свои интересы добросовестным исполнением иудейского закона и вели замкнутый образ жизни в пределах своих общин.
Для евреев Оттоманской империи этот духовный упадок совпал с общим экономическим и культурным спадом того времени. Глубокое внутреннее бессилие еще недавно горделивой Оттоманской империи начало проявляться уже в конце XVI в., когда центральное правительство стало терять контроль над провинциями. Еврейские придворные XVII в. были уже не те, что их предшественники во времена Наси. В целом XVII век был веком религиозного консерватизма с акцентом на исламический характер общества. Мало-помалу возрождались дискриминационные законы; снова евреев заставляли носить особую одежду. Один султан приобрел много денег, сначала пригрозив уничтожить всех евреев в империи и затем взяв взятку за то, чтобы отменить соответствующий указ. Снова проводились в жизнь правила, регламентирующие число действующих синагог и строительство новых. Так евреи в Оттоманской империи выработали обычай молиться дома; этим объясняется то обстоятельство, что многие мелкие синагоги по всему Среднему Востоку названы по именам отдельных людей и семейств. Безрадостное это положение продолжалось в XVII и XVIII вв. и захватило XIX в., когда экономика империи пришла в состояние застоя и большинство населения, включая и евреев, обнищало.
Европа начиная с 1500 г. переживала бурный расцвет, но на Ближнем Востоке прогресс замер; так продолжалось до прихода Наполеона в Египет в 1798 г. Европейские державы давно уже питали экономический интерес к Оттоманской империи, но теперь военные вторжения Франции и чуть позже Англии полностью изменили лик региона. Наибольшую выгоду от европеизации региона получили димми.