Охеда не уставал убеждать в этом Изабеллу, пока та находилась в Севилье. Его слова были заразительны. Фердинанд все сильнее хотел установить инквизицию в Кастилии. С помощью инквизиции можно было выяснить настоящий уровень веры среди новообращенных. Фердинанд и Изабелла направили папе римскому послание, в котором просили разрешения на установление инквизиции под контролем испанской монархии. До сих пор инквизиция находилась под управлением папы. Католические короли требовали права назначения двух или трех инквизиторов на следующие 40 лет. В противном случае Фердинанд грозился вывести испанскую инквизицию из состава церковного правления. Несмотря на то что папа Сикст IV был против предвзятого отношения к новообращенным, он вынужден был уступить требованиям Фердинанда. В ноябре 1478 года булла Exigit Sinceras Devotionis была опубликована, таким образом королевская чета получила то, что хотела.
Заняв трон в 1479 году, Фердинанд показал свой безжалостный нрав. Христианство стало единственной разрешенной религией, все остальные оказались под запретом. 27 декабря 1480 года Фердинанд и Изабелла издали указ об учреждении испанской инквизиции. Причиной являлось то, что в Севилье якобы было много дурных христиан — отступников, еретиков и марранов, тайно предавших христианство и вернувшихся к старой религии.
Инквизиция увеличила популярность монархов среди народа. Фердинанд никогда не отличался добротой и непосредственностью. Он был расчетливым и сдержанным. Он жаждал повелевать и стремился к власти. В отличие от своей жены Изабеллы он любил действовать в тени, чтобы добиться желаемого.
Поскольку инквизиция была учреждена непосредственно монархами, все назначения также были в руках у королевской четы. Папа слишком поздно понял, насколько могущественный инструмент власти он передал в чужие руки. Испанцы создали закрытый институт со своими судебными процессами, которые нельзя было оспорить, направив жалобу или призыв в Рим. Инквизиция на деле стала оружием абсолютной монархии. Светские лица освободились от строгих церковных законов и действовали как в качестве охранников, так и в качестве информаторов инквизиции.
В 1488 году Фердинанд и Изабелла учредили Совет Верховной и генеральной инквизиции (Consejo de la Suprema y General Inquisición), иначе — Супрема. Этот совет состоял из инквизиторов, назначаемых короной. Совет утвердил монаха доминиканского ордена Томаса де Торквемаду на пост Генерального инквизитора Арагона, Валенсии и Каталонии. Торквемада был духовником Изабеллы в детстве, когда та еще жила в Сеговии.
Торквемада создал кодекс инквизиции из 28 статей, призванный помочь инквизиторам искоренить в народе колдовство, еретичество, вероотступничество, двоеженство и содомию.
Торквемада одобрял использование пыток как способ получить признание. Официально это называлось «расспрашивать». Эвфемизмы были в ходу уже тогда. В «расспросы» входило несколько стадий, например демонстрация пыточных инструментов и камеры и раздевание догола. Лишь после этого начинались истязания и, собственно, сам допрос.
Если человека подозревали в еретичестве, то суд назначался через 30 дней. За это время нужно было собрать признания и доказательства вины, например свидетельства соседей. Признания вырывали под пытками. Виновные должны были признаться и покаяться, но, если они упорствовали или не хотели отказываться от своей веры, их сжигали на костре.
Доказательства против криптоиудеев, то есть тех, кто якобы втайне практиковал иудаизм, зачастую были просто смешными. Если по субботам из трубы не шел дым, это был признак того, что семья соблюдает Шаббат. Еще одним доказательством могла послужить, к примеру, покупка большего количества овощей на рынке перед Пасхой, хотя необходимо было поститься.
Секретные методы, используемые Супремой, отсутствие защиты, применение пыток и величайший энтузиазм при одобрении приговоров создали атмосферу ужаса и террора. Инквизиция стала эффективным государственным институтом, который предоставлял доносчикам возможность обогатиться: имущество осужденных конфисковывалось и поровну делилось между короной, инквизиторами и обвинителями.
В 1483 году новый папа Иннокентий VIII попытался перенести рассмотрение жалоб обвиненных в еретичестве в Рим, однако Фердинанд в 1484 году пригрозил смертной казнью всем, кто осмелится это сделать без разрешения короля. В 1490 году Торквемада разыграл обвинительный процесс против восьми евреев, которых он обвинил в убийстве христианского ребенка. Несмотря на то что ни доказательств, ни трупа ребенка обнаружено не было, евреев признали виновными и приговорили к аутодафе. Торквемада использовал этот случай, чтобы доказать, что евреи угрожают Европе.
