После кончины Зурпоче Шакья Джунгне Сойкой Шераб Дракпа стал его единственным наследником. Он руководил религиозными центрами монастырей Укпалунг и Трофу, а также местом медитации в Жагево, установил и усовершенствовал правила и положения, позволяющие религиозной деятельности осуществляться на регулярной основе. Например, он распорядился, чтобы религиозные мероприятия утром проводились в монастыре Укпалунг, в полдень в монастыре Трофу, а вечером в Жагево. Также он руководил строительством роскошного храма с девятью колоннами, получившего название «Воздушный летающий храм», чтобы повысить масштабность религиозных мероприятий. В храме стояли 42 статуи Будды, на стенах висели мандалы. Кроме того, Сойкой Шераб Дракпа построил несколько небольших буддийский храмов, многого достиг в области теории экзотерического буддизма, особенно в
Сой Шакья Сенгге, также известный как Лхагьикинбо Чопоба, был сыном мастера Сойкоя Шераба Дракпы; он родился в 1074 году, в год смерти своего отца. Согласно тибетским летописям, Сойкой Шераб Дракпа имел трех сыновей и несколько дочерей, все они были буддийскими монахами или монахинями, практикующими доктрины Ньингмапы. Но только Сой Шакья Сенгге, младший сын, стал наследником отца благодаря собственным достижениям. Его воспитали мать и дядя. До 15 лет он обучался дома, в том числе управлению семейными делами, так как семья была состоятельной и нужно было быть готовым в определенный момент взять ответственность за управление семейными средствами.
С 15 до 19 лет Сой Шакья Сенгге удавалось обращаться к известным мастерам и систематически изучать буддийские теории, особенно тантрические учения побочных линий Ньингмапы. Он стал преемником этой школы и тоже пропагандировал ее. Сой Шакья Сенгге восстановил и расширил монастырь Трофу и сделал его своим основным месторасположением. Там он ежегодно проводил четыре собрания Дхармы, поддерживая традиционную практику монастырей школы Ньингмапы.
Благодаря неустанным усилиям трех мастеров Ньингмапа постепенно превратилась в религиозную школу с крупными монастырями, упорядоченными канонами, действующими монашескими организациями, приобрела престиж. Эти мастера – первые буддийские классики самой ортодоксальной и авторитетной школы Ньингма, которая до сих пор существует в Тибете.
Была еще одна важная фигура в истории школы Ньингма – Лонгчен Рабджампа, который родился в 1308 году и стал буддийским монахом в возрасте 12 лет. Он постигал тантрические учения, став последователем ряда мастеров Ньингмапы и других школ, а также занимался изучением пяти сутр Майтрейи, семи сутр буддийской логики
В XVII веке при поддержке Далай-ламы V школа Ньингма получила дальнейшее развитие в Тибете. Далай-лама V не только поддержал существующие монастыри Ньингмапы и позволил монастырям Дорджедрак и Миндролинг расширить свое влияние, но и лично создал новый монастырь – Намгьелинг, чтобы передать учение Ньингма.