В 1253 году по императорскому указу Пхагпа прибыл ко двору Хубилай-хана, правитель, его жены и дети встретили посланника пышной церемонией. Двадцать пять человек из ближайшего окружения хана приняли участие в тантрическом ритуале абхишека (омовение). Правитель в ответ преподнес гуру настоящие сокровища. В 1254 году Пхагпа снова встретился с Хубилаем, тот издал указ, где разъяснялись отношения между монгольским двором и тибетскими монастырями, которые представлял Пхагпа, и давались инструкции тибетским монахам. В 1255 году Пхагпа пригласил в Хэчжоу, пограничную область между ханьским и монгольским регионами, известных монахов-бхикшу[30], чтобы те посвятили его в сан.
В 1258 году, во время правления династии Юань, в императорском зале Шанду состоялись дебаты между буддистами и даосами. Каждая группа состояла из 17 членов, буддийскую делегацию возглавлял Пхагпа, которому тогда было 23 года. Даосская группа признала поражение, и 17 даосских священников постриглись в буддийские монахи. В 1260 году Хубилай взошел на трон, он незамедлительно наградил Пхагпу титулом «Государственный наставник» и нефритовой печатью, а также приказал ему взять на себя ответственность за буддийские дела по всей стране. В 1264 году император Шицзу из династии Юань перенес столицу в Пекин и создал в Центральном правительстве Совет Цзунчжи (правящий совет), который позже был переименован в Совет Сюаньчжэн и находился под управлением государственного наставника.
Тибет относился к юрисдикции Совета Цзунчжи, что позволяло государственному наставнику брать на себя как религиозные, так и политические полномочия. В 1265 году Пхагпа вернулся в Тибет и занялся реконструкцией монастыря Сакья. Он установил там новые статуи Будды, ступы, переписал Кангьюру золотыми чернилами. Далее он отправился на обучение к выдающимся мастерам – пандиту Шидатагардабаже из Кашмира, переводчику Ксирабу Рекену из Лоу и Канкеннакжу из района Ньятанг, чтобы изучить буддийскую логику, теорию сутр и тантрические практики, а также «Пять трактатов» буддийских доктрин. Во время своего пребывания в Тибете Пхагпа создал новую монгольскую иероглифическую письменность, состоящую из 41 буквы, которая ими-тировла тибетские буквы. Произношение и написание соответствовали правилам монгольского языка, и эта письменность была названа «письмом Пхагпы». В 1269 году Хубилай приказал применять новую систему письменности по всей стране.
Пхагпа создал новые ключи для написания иероглифов и за это был высоко оценен императором династии Юань. В 1270 году Пхагпа предложил Хубилаю провести второй ритуал абхишека и подарил ему статую Хеваджры. Согласно историческим сведениям, Хубилай также подарил Пхагпе нефритовую печать, указом наградил его титулом «Императорский наставник под небом и над землей, как воплощение Будды, который создал иероглифы, охранял имперское управление и владеет Пятью трактатами буддизма» и вручил 1000 таэлей серебра, 59 000 кусков шелка и другие подарки. Пхагпа основал в Тибете совместное правительство, контролировавшее все местные дела, куда входили выдающиеся монахи Сакьяпы, принц Дхармы и светские чиновники клана Кун.
В 1276 году Пхагпа приехал в монастырь Сакья в сопровождении сына Хубилая – принца Чинкима. Во время путешествия он передал буддийские писания наследному принцу и написал «Доктрины о том, что я знаю», в которых было пять частей: учение о неразумном мире, учение о разумном мире, учение о пути, учение о плодах знания и асамскрит-дхарма (учение о двойственности). Перевод трактата на китайский язык был включен в Трипитаку. Эта книга охватывает основные буддийские знания, включая космологию, эпистемологию и теорию духовного освобождения. К мастеру обращались выдающиеся монахи, чиновники и правители Тибета, а также пандиты из Индии и Кашмира. Они преподносили Пхагпе дары и просили его прочесть лекции о буддийских доктринах. В 1277 году в Хомиренмо, недалеко от монастыря Ньятанг, состоялось Собрание Чоми, в котором приняли участие 70 тысяч монахов и верующих. Это было еще одно грандиозное мероприятие деятелей тибетского буддизма после Собрания Бингчена, проведенного в Нгари царем Гуге в 1076 году. Собрание длилось полтора месяца, Пхагпа читал лекции по буддийским писаниям и раздавал ценные материалы. Успешное проведение собрания повысило престиж Пхагпы и укрепило власть Хубилая. В 1280 году мастер скончался в монастыре Сакья в главном храме Лхажанг-лхаканг. Хубилай присвоил Пхагпе титулы «Владыка под божественным небом», «Пропагандист придворной литературы», «Великий мудрец высочайшей Добродетели, глубокой мудрости и совершенного просветления», «Великий принц сокровищ Дхармы», «Принц божеств рая», «Императорский наставник» в знак уважения к его заслугам. В 1320 году император Жэньцзун династии Юань приказал создать мемориальные залы императорского наставника по всей стране, чтобы увековечить память о нем.
Рабочие в типографии сутр Дерге в Сычуани печатают сутры
