Как пишет Иван Алексеевич в жалобе генеральному прокурору, ему было предложено признаться в шпионаже в пользу немецкой, английской или итальянской разведки. Он выбрал итальянскую, поскольку человек, «завербовавший» его, находился вне Советского Союза. Кроме того, от Лихачева требовали дать показания о криминальной деятельности Испано-Американского общества, в котором он состоял. Это общество было представлено следственными органами как подпольная троцкистская организация. Иван Алексеевич подписал протоколы допросов, в которых отдельные реальные факты соседствовали с вымыслами следователя, и прочел аналогичные протоколы, подписанные подельниками, но отказался от очных ставок: «Меня три раза избивали, один раз в четыре руки и четыре ноги, до полубессознательного состояния, но очных ставок из меня не выбили»[30]. Э. Шнейдерман, опубликовавший жалобу И. Лихачева генеральному прокурору СССР, считает, что следователи явно переусердствовали, инкриминировав обвиняемому участие сразу в трех террористических организациях: «Вероятно, абсурдное нагромождение обвинений и спасло Лихачева от „вышки“…»[31]
За два с половиной года, проведенных Иваном Алексеевичем под следствием, «железного наркома» Ежова сменил Л. Берия. В результате следователь Лихачева оказался с ним на соседних нарах. Друга и сослуживца Лихачева, переводчика А. Жида, Алексея Матвеевича Шадрина, арестованного в 1938 году, который не признался ни в одном из обвинений, освободили в 1940 году[32]. С Лихачева сняли обвинения в терроризме и дали восемь лет: «… осталась лишь одна улика: „неблагоприятный агентурный материал“, иными словами, доносы сексотов, основанные, как нетрудно догадаться, на неосторожных, вернее, безоглядно откровенных высказываниях Лихачева и на его постоянных контактах с иностранцами»[33]. В зоне он шил рукавицы, изготовлял дранку, чистил выгребные ямы. В лучшие времена работал медстатистиком – помогло знание латыни – и писал таблички с именами заключенных, изготовляя краску так, чтобы, когда последняя табличка будет закончена, краска на первой начинала осыпаться. В свободное время он переводил по памяти стихи. «… За эти годы я довольно много перевел стихами всяких поэтов», – писал он впоследствии своему другу Ю. Македону[34]. После отбытия срока Лихачев был сослан в город Вольск Саратовской области. Работал сначала библиотекарем, а затем сторожем-дворником. Переехал во Фрунзе, устроился на работу библиотекарем, но через три месяца вновь был арестован и осужден на десять лет. В конце 1955 года он был сактирован как инвалид – «сердце, грыжа, выпадение кишки и прочие мелочи, особенно меня не тревожащие»[35]. На самом деле серьезные неполадки со здоровьем начались раньше. В 1944-м Иван Алексеевич писал из лагеря И. Михайлову: «Моя актировка что-то замолкла, видимо, придется сидеть здесь до конца»[36] . В письмах к друзьям Лихачев сообщает, что за время войны умерли все его близкие, остались только кузены и племянники. Итоги жизни в заключении и ссылках Иван Алексеевич подводит в письме к Ю. Македону от 6 января 1957 года: «Не могу сказать, чтобы за эти 20 лет я очень изменился. Интересы мои в основном те же, плюс науки, связанные с медициной. Стал относиться терпимее и сочувственнее к роду человеческому. Перестал переживать всякие житейские неудобства и обнаруживаю высокую неприхотливость» [37].
После реабилитации в 1957 году Лихачев вернулся в Ленинград, получил маленькую комнатку в коммуналке с одной соседкой – одинокой Варварушкой, которая по-доброму к нему относилась. С 1959 года стал вести семинар английской прозы в Доме писателей, а в 1962-м был принят в Союз писателей. Соскучившийся по культурной жизни, Иван Алексеевич посещал филармонические концерты, спектакли, выставки, а когда в середине 1960-х в ДК имени Кирова открылся кинотеатр Госфильмофонда, покупал абонементы и в окружении друзей пересматривал любимые с юности фильмы немецких экспрессионистов. Историк петербургской культуры Юрий Минаевич Пирютко писал, что «высокую, сухонькую фигуру» Лихачева, «неизменно присутствующую на всех изысканных концертах, в балете, в Доме писателей, <…> хорошо еще помнят многие»[38]. По субботам в комнатушку Ивана Алексеевича набивались гости. Слушали пластинки из его богатой коллекции, читали стихи. Иван Алексеевич угощал гостей картофельным салатом, приготовленным Геннадием, и ростбифом из кулинарии Елисеевского магазина. Приходили старые друзья, филармонические завсегдатаи, молодые и не очень поэты. Иосиф Бродский году в 1961-м часто заходил с Евгением Рейном, брал у Ивана Алексеевича, получившего прозвище Старик, пластинки для домашнего прослушивания. На кухне, названной «малым залом», обосновались приятели Геннадия – инвалиды, с которыми Иван Алексеевич бесплатно занимался английским языком[39].