Той же обители игумен Алексий, в то время уже одряхлев, препоручил этому Филиппу управление монастырем. Также и вся братия полюбила его и избрала <игуменом>. И пошли с ним в Великий Новгород к архиепископу Феодосию. И там архиепископом Феодосием он был поставлен игуменом, и вскоре отпущен в обитель.
Святой же Филипп заботился об обители. И, посоветовавшись с братией, воздвиг церковь честного Успения Пресвятой Богородицы, и в том же храме создал престол в честь Иоанна Предтечи, пристроив туда же и трапезную, имеющую внутри 12 саженей <длины>.
И горы большие сравнял, и долины избороздил <каналами>, и сделал так, что вода потекла от озера к озеру и в озеро под монастырскими стенами слилась. Толкуши же и мельницы к покою братскому пристроил и палаты благоустроенные сделал.
Призывает он на помощь святых отцов Зосиму и Савватия, и захотел создать церковь великую из плинфы во имя Преображения Господа нашего Иисуса Христа на том месте, где видел преподобный пресветлый луч сияющий. Как святой Филипп захотел, так и сделал. Присоединил же тут церковь преподобных отцов Зосимы и Савватия и архистратига Михаила, а на другой стороне на подклете четыре других выстроил: церковь во имя 12 апостолов, и церковь 70 апостолов, и церковь преподобного Иоанна Лествичника, и церковь святого великомученика Феодора Стратилата. И украсил их святыми иконами, и священными сосудами, и книгами, и всяким церковным украшением. В той же церкви с северной стороны и могилу себе выкопал (тут и были положены мощи его, когда были принесены из заточения).
Когда в царствующем граде Москве Макарий-митрополит к Господу отошел, по его благословению некоего Афонасия возвели на престол великой митрополии царствующего града Москвы. Тот же Афонасий один год был митрополитом и сам оставил митрополичий престол.
Царь же всея Руси Иван Васильевич, узнав о житии святого Филиппа, написал послание на Соловки к святому Филиппу-игумену и повелел ему быстро прибыть в царствующий град Москву ради совершения духовных дел. Когда же он получил послание и братии прочел, братия о том очень скорбела.
А святой скоро в путь пускается. И пошел, и когда достиг от Великого Новгорода третьего поприща, то слышавшие о приходе святого Филиппа люди из Великого Новгорода вышли навстречу ему, встретив святого с почестями, молили его, да заступится за них пред царем и покровительствует им, ибо слух прошел, что царь гнев держит на город тот.
И быстро пошел святой к царствующему граду. Когда же дошел он до царствующего града Москвы, то повелел царь встретить святого с великими почестями. И святой был на царской трапезе, и великими дарами царь почтил святого. Затем царь святому Филиппу приводит слова из Божественного Писания и так говорит: «Церковь русской митрополии вдовствует, и наставника не обретаем. И ныне по нашему и всего Священного собора совету да будет та благодать тобою исполняема». Святой же, услышав это, с глазами, полными слез, стал говорить: «Это дело свыше сил моих! О благой царь, отпусти меня ради Бога!» Царь же и все бояре в том великом деле оказали давление на святого и превозмогли <сопротивление> его.
И повелел царь послания разослать по городам: да соберутся архиепископы и епископы в царствующий град Москву на поставление святого митрополитом.
Святой же, наставив царя и царских детей словами Божественного Писания, возвратился на митрополичий двор. И с тех пор царь очень любил святого Филиппа-митрополита. Также и святой Филипп-митрополит пекся о <душевном> здравии царя. И вспоминая уединенное житие, призывая на помощь себе преподобных отцов Зосиму и Савватия, соловецких чудотворцев, создал он на митрополичьем дворе во имя их храм и всякими красотами украсил. И каждый день приходил туда и, желание о спасении утоляя, отгонял уныние и печаль.
И спустя какое-то время кинул сатана сорняки вражды в круг вельмож: с ненавистью, как змеи, они шипели друг на друга злые наветы и царя сильно подвигли на гнев. И из-за тех злых замыслов стал он опасаться верных своих слуг, и известных родственников, и друзей, и на бояр своих неукротимо гневался.
И по той причине царь и великий князь всея Руси Иван Васильевич умысел <свой> претворяет и собирает в царствующий град Москву Священный собор: Новгородского архиепископа Пимена, Казанского Германа, Суздальского Пафнутия, Рязанского Филофея, Смоленского Феофила, Тверского Варсонофия, Вологодского Макария и других святителей. И возвещает им свое царское замышление: царство свое разделить и свой царский двор устроить <по-иному>.
Блаженный же Филипп тогда пребывал в согласии с епископами, и между собою все они твердо уговорились, что будут все они против такого намерения стоять крепко.
