И тотчас царь удалился в палаты свои в глубоком размышлении, и был очень гневен на митрополита Филиппа. Того же начинания советники и злу помощники — Малюта Скуратов да Василий Грязной со своими единомышленниками беспрестанно всякие лживые наветы возводили на святого и царя уговаривали, чтобы не велел им отстать от такового начинания <потом же и сами пострадали от него>.
После этого много зла было в людях православной веры, и от той опричнины поднялось великое возмущение во всем мире, и кровопролитие, и суд неправедный. И от обрушившейся скорби друг друга не понимали!
Некии же люди пришли к пастырю ради <его> заступничества, через великий плач кричали, смерть пред собою видя, а говорить не в силах, только показывали следы разных пыток и раны на телах своих. Святой же утешал их словами Божественного Писания. Они же, подкрепленные словами, расходились по своим домам.
По прошествии немалого времени, в день воскресный, когда блаженный митрополит Филипп совершал Божественную литургию, пришел царь к церковной службе, одетый в черные одежды, также и другие последователи зла, одетые в такие же черные одежды, да еще и с высокими колпаками на головах своих, подобными уборам, что носят «халдеи». И бояре, и весь синклит таковое же одеяние и облик одинаковый имели. Святой же Филипп, по порядку совершая чин службы, обрадовался приходу царя и исполнился божественного света. И когда стоял он на предназначенном для него месте, царь трижды подходил к нему и благословения просил, святитель же ничего на то не отвечал. И сказали бояре: «Святой владыка! Царь Иван Васильевич пришел к твоей святости, требует, чтобы ты благословил его». Блаженный же, взглянув на него, приблизившись, сказал: «Благочестивый царь! Кому подражать захотел? Таким образом существа своего доброту исторг, ибо в неподобающий образ облекся! С тех пор как солнце начало сиять на небе, не слыхано, чтобы благочестивый царь сам свою державу ввергал в смуту». И после того сказал: «О царь! Мы приносим жертву Господу, а за стенами храма безвинно льется кровь христианская и напрасно умирают». Царь же разгорелся яростью и сказал: «Филипп! Нашу волю изменить хочешь?!» Святой же слова Писания рассыпал, как стрелы. Царь же, святительским наказам и учению нисколько не внимая, на него сильно разгневался и, рукою потрясая, изгнанием грозил, и различными муками, и наветами, способными уничтожить. И сказал царь: «О, Филипп! Нашей ли власти противишься?» Многотерпеливый же страдалец и пастырь духовный не испугался ни наказания, ни угроз мучениями, но душу свою положил за стадо духовных овец, порученное ему Владыкой, и сказал: «Благой царь! Повелению вашему не повинуемся, и замысла, который ты недобро замыслил, не разделяем, если даже и тысячекратно от вас люто пострадаем». И вновь повторял слова Божественного Писания.
Царь же, услышав это, исполнился ярости. Подстрекатели же безумные, бесом подученные, не радуются о благочестии и о поддержании мира, но, более того, стараются принести беды православным христианам и уничтожить благочестие, и на больший гнев толкают православного царя. И умышляют заговор неправедный ради своей преходящей славы и почестей, ибо толкают царя на ярость и великий гнев. И собирают клевету, и подговорили лживых свидетелей, чтобы те придумали вину святому Филиппу, и сказали о ней народу, дабы народ от него отвратился, и, наконец, желая лишить его епископского сана.
Когда царь и епископ были еще в церкви, некто чтец соборной церкви, подучен врагами Филиппа, начал изрыгать грязные слова на блаженного Филиппа. Слышавшие же <это> епископы из угождающих царю — Пимен Новгородский и прочии — стали негодовать на святого и сказали: «Как этот царя наставляет, а сам недостойное творит!» Святой же Филипп сказал архиепископу Пимену: «Хотя и человекоугодничаешь, и пытаешься престол чужой похитить, но даже и со своего зло свержен будешь!» <Недолгое время спустя после свержения блаженного Филиппа был изгнан и Пимена-рхиепископ со своего престола и в заточении скончался>.
Епископы же, любившие святого митрополита Филиппа и знающие, что все — ложь, ничего не смели сказать, видя, что все подстроено для изгнания его. Отец же, любовь отеческую проявляя к юноше, ибо знал, что легчайшая вина — юношеские прегрешения, сказал чтецу церковному: «Да будет к тебе милостив Христос, любезный! Прости тем, кто тебя на это подучил, ибо вижу, что тебе <за обвинения> заплатили. Но знаете ли вы, любимые мои, из-за чего хотят меня свергнуть и царя подбивают на то? Потому что не рассыпал пред ними лестных слов, не одевал их в шелковые ризы, не потакал их невоздержанию. Не будет мне того, чтобы об истине умолчать ради пребывания на епископском престоле».
Люди же православные, стремящиеся к благочестию, ни в чем не отступали, но больше приблизились к блаженному Филиппу-митрополиту. Царь же гневался на святого Филиппа: где бы они ни встречались — и слова тихого не скажут, добрый же страдалец сего не убоялся и не умолкал.