После насильственного устранения униата Исидора, в 1441 г. Москва оставалась без митрополита целых семь лет. Обычно митрополит назначался из Константинополя, но на сей раз туда с просьбой было решено не обращаться, так как «не к кому было посылать: царь не таков, и патриарх не таков, иномудрствующие, к латинам приближающиеся». В то же время, избрание митрополита без одобрения патриарха означало бы разрыв многовековой связи русской церкви с константинопольским патриархатом. И вот, целых семь лет Москва думает, прежде чем навсегда отказаться от митрополитов‑греков и взять бразды церковного правления в свои, русские руки.
Подобная преданность умиравшему Константинополю вызывает удивление. Ведь Сербия и Болгария боролись за независимость всю свою историю; в том числе, добивались религиозной самостоятельности, едва приняв православие. Однако Руси не нужна сомнительная независимость ― она ею и так пользовалась в силу своей удаленности от духовного центра. У Москвы имелись более масштабные планы, ― ведь после неизбежной гибели Византии кто‑то должен принять ее духовное и политическое наследие.
Дальнейшее нахождение церкви без духовного главы грозило неприятностями и смутами, и, наконец, в 1448 г. было отдано предпочтение рязанскому епископу Ионе. Впервые на Руси был избран глава церкви, а не назначен из Константинополя, отныне и навсегда митрополиты, а затем патриархи, были русскими. И даже после этого акта Москва не хотела окончательно разрывать отношения с Константинополем. В июле 1452 г. ко двору последнего византийского императора Константина XI Палеолога отправляется посольство. С ним Василий II Темный просит Константинополь утвердить избрание Ионы митрополитом киевским и всея Руси. Оправдывая свое деяние, московский князь излагает все обстоятельства отстранения греческого митрополита Исидора, который, «покрывшись овечьей кожей, дела совершил подобно волку».
В 1454 г. был избран первый константинопольский патриарх уже после захвата Византии турками. Выбор греческого духовенства утверждал султан. Духовным отцом православных христиан стал образованнейший человек, прекрасный оратор и писатель Геннадий Схоларий. В свое время он был сторонником Флорентийской унии, однако на момент избрания Геннадий превратился в ее противника и ревностного хранителя чистоты православия (патриарх с иными взглядами был не нужен султану, целью которого стал раскол христианства). Казалось бы, такой патриарх должен удовлетворять и Москву, но той уже не было надобности ни в каком патриархе.
Русские решили, что не должны «принимать поставления ни на митрополию, ни вообще на владычество от цареградского патриарха, как живущего в области безбожных турков поганого царя». Русское стремление к самостоятельности существенно отличается от болгарского и сербского. Фактически Великое княжение Московское не объявило себя независимым от Константинополя, а переняло у него власть над православными народами. Состояние константинопольского патриархата анализирует церковный историк Александр Доброклонский: «Патриарх же с падения Константинополя все более и более беднел и слабел; он уже стал нуждаться в сторонней правительственной и экономической поддержке, поэтому обращался с просьбами к России или через своих послов, или сам лично».
Русские давно поняли связующую силу религии и надеялись, подобно Византии, распространить свою власть на прочие, исповедующие православие, народы. Пользуясь слабостью константинопольского патриарха, Москва расширяла власть национальной церкви с его согласия и благословения. Тот же церковный историк рассказывает о нехитром механизме:
«По отношению к северной митрополии при митрополите Ионе патриарх Геннадий сделал еще большую уступку: обязанный материальными пожертвованиями со стороны московского митрополита и великого князя, он дозволил на будущее время выбирать и поставлять северо‑восточного митрополита на Руси собором местных иерархов без предварительного сношения с ним. В таком духе русские епископы на Московском соборе 1459 года постановили: по смерти Ионы повиноваться только тому митрополиту, который по правилам святых апостолов и отцов будет поставлен в соборной церкви на Москве у гроба святого чудотворца Петра; при выборе преемника святого Ионы (Феодосия) так и было сделано».
Назначив себя хранителями истинного православия, русские приняли в наследство от Византии и светские притязания. Как мы помним, византийские императоры считались властителями мира, и Москве эта идея пришлась по душе. Государь стал позиционироваться как прямой и единственный наследник византийских (а до них, римских) императоров. Исходя из этих соображений, и нужно расценивать свадьбу великого князя московского с племянницей последнего византийского императора.