В феврале 1965 г. военно-промышленная комиссия при Совете министров дала наконец министерствам задания на разработку и согласование плана создания системы Н-1- Л3. Эскизный проект должен был появиться в августе 1965 г. Но план-график проектирования и изготовления комплекса военно-промышленная комиссия так и не утвердила. Ни в 1965-м. Ни в 1966 г…
2 марта 1965 г. было образовано Министерство общего машиностроения. Министром назначили Сергея Александровича Афанасьева. В 1955–1957 гг. такое министерство уже существовало, но когда проводили административную реформу, решили, что иметь его нецелесообразно, и все проблемы закрытого министерства вручили Министерству оборонной промышленности. Потому что «общим» у предприятий Министерства общего машиностроения было то, что заводы и учреждения, в него входившие, занимались ракетами. Американцы создали НАСА для решения всех гражданских космических задач, а мы наконец решили объединить всех ракетчиков под одной крышей.
При реформировании управления экономикой в марте 1965 г. были восстановлены или вновь организованы многие промышленные министерства. При этом пересмотрели состав подчиненных им предприятий, ОКБ и НИИ. Разросшееся ОКБ-52 В. Н. Челомея в полном составе перешло из авиапрома в Министерство общего машиностроения.
Одним из первых мероприятий возрожденного «ракетного» министерства была передача в апреле-мае 1965 г. всех межпланетных «проблем и дел» из ОКБ-1 в КБ Машиностроительного завода имени Лавочкина, в том числе и всей «автоматической» программы исследования Луны. За собой Королев оставил программу высадки человека на Луну. Ответственным за все межпланетные автоматические исследования с этого момента стал главный конструктор КБ Машиностроительного завода имени Лавочкина Георгий Николаевич Бабакин.
В связи с тем что лунная программа все-таки двигалась туго, требовалась помощь проектным организациям и корректировка планов. Поэтому 25 октября 1965 г. появляется постановление с очень длинным названием: «О сосредоточении сил конструкторских организаций промышленности на создании комплекса ракетно-космических средств для облета Луны и подготовки условий для последующей организации высадки экспедиции на поверхность Луны».
В этом же постановлении было записано решение, что раз ОКБ-52 Челомея не успевает сделать к сроку самостоятельно лунный облетный корабль и разгонный блок, то, значит, надо использовать наработки ОКБ-1 и использовать их корабль «Союз» и разгонный блок Д.
В январе 1966 г. КБ завода имени Лавочкина дебютировало успешным запуском станции «Луна-9». Это была прежняя станция Е-6, но на ней наддув амортизирующих баллонов происходил еще до запуска ТДУ. Е-6М великолепно справился со своей задачей, сел на поверхность Луны в Океане Бурь, в районе кратеров Рейнер и Марат, включил аппаратуру и провел исследования и съемку лунной поверхности, затем передал изображения на Землю. Люди впервые увидели панораму Луны.
В марте 1966 г. было произведено два запуска космических аппаратов серии Е-6С. Один из них, «Луна-10», успешно долетел до Луны и 57 дней с ее орбиты проводил необходимые исследования, передавая информацию на Землю. Второй аппарат, «Космос-111», остался на земной орбите. В августе и сентябре того же года были успешно запущены «Луна-11» и «Луна-12». Обе станции были предназначены для фотографирования лунной поверхности с орбиты и свое задание успешно выполнили. Рабочее, заводское название аппарата было Е-6ЛФ. Лунную программу 1966 г. завершил декабрьский запуск лунной станции Е-6М «Луна-13», которая на радость советским людям успешно прилунилась, провела исследования и съемку лунной поверхности.
Автоматические лунные станции торили дорогу к Луне советскому человеку. Новая модификация Е-6 Е-6ЛС должна была помочь отработать элементы полета человека к Луне. Однако два запуска этой станции в мае 1967 г. и феврале 1968 г. оказались неудачными, и только запуск в апреле 1968 г. принес успех: «Луна-14» полностью реализовала свою программу: на станции было установлено новое оборудование для связи и оно отработало прекрасно.
Но все это было уже без Королева. Сергей Павлович умер 14 января 1966 г. Перешагнул порог своего кабинета, собравшись в больницу на неделю, а получилось – навек.
Работа над лунной программой проходила трудно. После ухода Сергея Павловича Королева, умевшего выходить из труднейших ситуаций, организационных и технических, своим авторитетом продавливавшего нужные решения в ЦК и Совете министров, делать это стало некому. Место главного конструктора ОКБ-1 занял Василий Павлович Мишин, почти 20 лет проработавший заместителем у Королева.