Режим Пхагдру сохранял контроль над большей частью территории Тибета во времена династии Мин. Сакьяпа контролировали только некоторые части провинции Цанга, такие как Гьиронг и Лхаце. Тай Ситу Джанчуб Гьялцен когда-то составил устав для режима Пхагдру. Например, дези режима Пхагдру должен служить настоятелем монастыря Цетанг и происходить из семьи Рланг. Дзонгпен должен быть избран из числа достойных вассалов и периодически меняться, чтобы обеспечить укрепление режима. Дракпа Джанчуб, родившийся в 1356 году, не должен был занимать должность дези, потому что уже был настоятелем монастыря Денсатил. Однако советники Пхагдру просили его занять этот пост после кончины второго дези, Шакья Гьялцена, в 1373 году. Дракпа Джанчуб в конце концов согласился занимать обе должности, пока не подрос его сводный брат Сонам Дракпа. Поэтому Дракпу Джанчуба называли Бла Дпон, что означает «глава режима Пхагдру и монастыря Денсатил одновременно». Семь лет спустя он передал правление Сонаму Дракпе. Но из-за внутренней борьбы за власть Сонам Дракпа ушел с поста четвертого дези и стал настоятелем монастыря Денсатил. В 1405 году он оставил пост настоятеля, став отшельником и продолжая практиковать тибетский буддизм. Пятый дези, Дракпа Гьялцен, который также унаследовал титул Принца идеологии, сделал пост дзонгпена наследственной должностью. Такие семьи, как Ринпунгпа, Пхыонг Ргьяс Па, Снеху Па и Дракхава, позже стали владельцами фиксированных феодов. Дези приказал чиновникам носить одежду в соответствии с их правительственными рангами и издал этикет для официальных собраний. Эти меры укрепляли классовую иерархию внутри правящей группы и помогали поддерживать феодальный порядок. После смерти Дракпы Гьялцена в 1432 году семья Абботрлангов режима Пхагдру вела внутреннюю борьбу за власть. Сангье Гьялцен, отец шестого дези Дракпа Юнгне, желая сменить на посту своего сына, в 1434 году спровоцировал серьезные конфликты. Некоторые знатные семьи воспользовались ситуацией и получили реальную власть. В нарушение устава Тай Ситу Джанчуба Гьялцена, заняв пост дези, Дракпа Юнгне возобновил светскую жизнь и женился. С тех пор преемника дези можно было выбирать из мирян, должность стала наследственной. Ринпунгпа, самая могущественная и знатная семья, контролировала режим Пхагдру через наследственные браки и спровоцировала серию гражданских войн. Однако семья настоятеля Рланга позже разделилась на два клана: в Недонге и в Конггаре. С середины и до конца правления династии Мин локальные войны продолжались, пока не установился режим Цангпа в Шигадзе, которому не суждено было просуществовать долго.
Создание школы Гелуг, развившей традиции буддийского монастырского образования и ритуальной практики, было крупным событием в истории Тибета во времена династии Мин. Ее основатель Цонкапа (1357–1419) родился в уезде Хуанчжун провинции Цинхай. Он был посвящен в сан в возрасте семи лет и отправился в Лхасу изучать буддизм в возрасте 16 лет. Он учился у десятков выдающихся монахов из разных школ и позже сам набирал учеников для распространения собственных буддийских сочинений. Под покровительством лидера режима Пхагдру Дракпы Гьялцена и Ной Дзонгпена Намкха Зангпо он начал Великий молитвенный фестиваль в Лхасе и построил монастырь Ганден в 1409 году, что послужило основой для формирования Гелугпы. Эта традиция базировалась на доктринах Атиши и Дром Тонпы, таким образом, монастыри Кадампы быстро переориентировались на образование и ритуалы по канонам Гелугпы.
Уголок монастыря Ганден
Ученик Цонкапы Таши Палден построил монастырь Дрепунг в 1416 году, а другой ученик – Шакья Еше – основал монастырь Сера в 1419 году. Три монастыря в Лхасе создали базу для ранней стадии распространения Гелугпы. Когда Цонкапа умер в 1419 году, Гелугпа еще не приняла систему реинкарнации для наследования престола, и на трон Цонкапы взошли его ученики Ргял Цхаб Рже и Кхедруб Дже, известные как Ганден Трипа. Гелугпа вскоре стала полностью подконтрольной правящей семье Ринпунгпа, и ее развитие остановилось. Гендун Друп (1391–1474), бывший учеником Цонкапы в последние годы его жизни, построил монастырь Ташилхунпо в Шигадзе, и тот постепенно превратился в центр Гелугпа в регионе У.
Монастырь Сера
Монастырь Дрепунг